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luke11金蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
嗜熱酶分子模擬對(duì)比
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兩種不同來(lái)源的酶熱穩(wěn)定性差異較大。能不能用分子模擬的方法比較其結(jié)構(gòu)？尋找熱穩(wěn)定性的原因。 或是有沒(méi)有類似文獻(xiàn)？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
luke11: 金幣+10, ★★★★★最佳答案 2012-12-11 10:09:30
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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可以的~ 思路如下： 1.建立兩種酶的三級(jí)結(jié)構(gòu)模型-同源模建 2.進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬-設(shè)置在不同溫度下，比如300K, 400K. 500K,通過(guò)軌跡分析了解可能優(yōu)先變性的區(qū)域，比較穩(wěn)定的氫鍵、鹽橋作用等，從而從結(jié)構(gòu)上說(shuō)明熱穩(wěn)定性差異的原因 |
2樓2012-12-10 20:43:56
luke11
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3樓2012-12-11 10:10:18
4樓2012-12-11 10:55:33
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5樓2012-12-11 12:11:52
yaozhq
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zh1987hs: 金幣+3, 其實(shí)就算整個(gè)蛋白質(zhì)做量化對(duì)于是否能匹配上實(shí)驗(yàn)結(jié)果都不好說(shuō)，因?yàn)槿Q于你初始蛋白結(jié)構(gòu)的合理程度 2012-12-11 21:28:14
| 熱穩(wěn)定性有非常多的理論 表面電荷分布 氨基酸組成等等的 簡(jiǎn)單的動(dòng)力學(xué)模擬可能能看出一點(diǎn)點(diǎn)苗頭 但是不保證能出來(lái)效果 前面有師兄研究過(guò)這個(gè) 最精確的模擬就是把整個(gè)蛋白質(zhì)做量化計(jì)算 不過(guò)目前不可能做到 于是有很多簡(jiǎn)化模型 |
6樓2012-12-11 13:34:38
luke11
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7樓2012-12-11 17:47:59
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luke118樓2012-12-12 02:26:46
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9樓2012-12-12 10:00:00
10樓2012-12-12 10:18:49
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