| 查看: 1623 | 回復(fù): 10 | ||||
hwchen2000金蟲 (正式寫手)
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[求助]
RT-PCR高手請進(jìn)
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我現(xiàn)在做RT-PCR多次,只有一次做第二鏈合成電泳后顯示有約1000bp的條帶,但是再也沒有重復(fù)出來,所以想請教一下各位高手 RNA模板約1ug 我的PCR引物是 forwards: 5'-ggatatcATGGCAGCCANAGATGCTTGTATTG-3' rewards: 5'-cccaagcttCTAGAATGCAGCACCAACGAAGGGT-3' (小寫為保護(hù)堿基) 請大俠幫我驗(yàn)證這個引物的退火溫度,我現(xiàn)在是55℃ 求教了! |
PCR技術(shù) | 分子生化實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn)積累 |
銅蟲 (小有名氣)
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RT-PCR即反轉(zhuǎn)錄PCR,需要注意的有以下幾點(diǎn): 1、首先看RNA是否完整,一般RNA電泳檢測,28S的亮度約是18S的兩倍,說明RNA完整,否則會含有其他RNA,比如mRNA,會影響后續(xù)逆轉(zhuǎn); 2、我們做逆轉(zhuǎn)一般用的是Takara的逆轉(zhuǎn)錄試劑盒,逆轉(zhuǎn)效果還不錯吧。先看你逆轉(zhuǎn)時RNA加的量是否合適,過小或過高都影響逆轉(zhuǎn)效果,再看你逆轉(zhuǎn)的過程是不是有差錯; 3、逆轉(zhuǎn)為cDNA后,先用其他常用基因檢測下cDNA的質(zhì)量,比如先擴(kuò)增actin,一般這個退火溫度是確定的,如果結(jié)果好再擴(kuò)增你的目的基因,至少說明模板沒問題; 4、能擴(kuò)出actin基因而擴(kuò)不出你的目的基因,可以做退火溫度梯度,一般我們用這個引物設(shè)計軟件http://www.sigma-genosys.com/calc/DNAcalc.asp 測出的退火溫度-5度都能PCR出結(jié)果,除非上下游引物退火溫度差距太大 希望對你能有幫助! |
木蟲 (正式寫手)
金蟲 (正式寫手)
木蟲 (正式寫手)
金蟲 (正式寫手)
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我曾經(jīng)遇到過與你相同的問題,只是你的目的片段比較大,我覺得最好從以下幾個方面考慮: 1.首先一定要保證你的RAN的純度和完整性都要好,主要是純度一定要好!這一步是基礎(chǔ)。 2.在做RT的時候,可以嘗試增大RNA的量,2ug也可以,不過一定要在冰上進(jìn)行。 3.做PCR這一步的時候,我覺得你最好使用快速高保真酶來擴(kuò)增,可以用PrimeStar這種酶來擴(kuò)增,可以先擴(kuò)增內(nèi)參看看。這一步我覺得退火溫度可能不會是大的問題,主要是酶,體系最好是25ul,不要用50ul的體系。 4.如果一直沒有結(jié)果的話,沒有辦法,只有從頭再做,保證每一步都是可信的,然后再往下做。 |
新蟲 (小有名氣)
| 1000bp根本不算大!第一用內(nèi)參基因擴(kuò)一下 ,確認(rèn)模版能用,也確認(rèn)你的PCR所有試劑能用。第二退火溫度用三倍GC+2倍的AT算一下,我感覺退火溫度可能太低了。第三,把你出條帶那個PCR產(chǎn)物再跑一下,看有沒有條帶了,如果有,看多亮,太亮的話要稀釋的。 |
金蟲 (正式寫手)
金蟲 (正式寫手)
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