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紫漠殘星木蟲 (正式寫手)
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[求助]
amber10 MD輸入文件
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| 請問用amber模擬一個(gè)酶和一個(gè)小分子配體的MD輸入文件如何編寫？可否有個(gè)輸入文件的例子讓我參考下？謝謝了 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jiaoyixiong: 金幣+3, 鼓勵交流 2012-12-18 15:37:19
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jiaoyixiong: 金幣+3, 鼓勵交流 2012-12-18 15:37:19
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能量最小化： Initial minimisation of our structures &cntrl imin=1, maxcyc=1000, ncyc=500, cut=10, ntb=1, / 加熱： &cntrl nstlim=25000, dt=0.002, ntx=1, irest=0, ntpr=500, ntwr=500,ntwx=500, tempi=10, temp0=298.15, dtemp=10.0, ntt=1, tautp=2.0, ntb=1, ntp=0, ntc=2, ntf=2, nrespa=1, cut = 10.0, &end MD： # Control section &cntrl nstlim=1500000, dt=0.002, ntx=5, irest=1, ntpr=1000, ntwr=500,ntwx=500, tempi=298.15, temp0=298.15, dtemp=10.0, ntt=3, gamma_ln=1, ig=2858, ntb=2, ntp=1, ntc=2, ntf=2, nrespa=1, cut = 10.0, &end 根據(jù)你自己的需要，再進(jìn)行修改吧. 新手上路，也挺不容易 |
2樓2012-12-18 14:00:06
紫漠殘星
木蟲 (正式寫手)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 4 (幼兒園)
- 金幣: 4491.2
- 紅花: 1
- 帖子: 400
- 在線: 98.2小時(shí)
- 蟲號: 1406959
- 注冊: 2011-09-18
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
3樓2012-12-18 17:09:48
4樓2012-12-18 21:30:39
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