 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 4 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 737 | 回復(fù): 3 | |||
紫漠殘星木蟲 (正式寫手)
|
[求助]
amber10 MD輸入文件
|
| 請問用amber模擬一個酶和一個小分子配體的MD輸入文件如何編寫？可否有個輸入文件的例子讓我參考下？謝謝了 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
323求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
一志愿北京化工大學(xué) 070300 學(xué)碩 336分 求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
352求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
一志愿東華大學(xué)化學(xué)070300，求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
277材料科學(xué)與工程080500求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
317求調(diào)劑
已經(jīng)有18人回復(fù)
-
293求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
280分求調(diào)劑 一志愿085802
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
0854電子信息求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
263求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 學(xué)amber tutorial 遇到參數(shù)文件無法產(chǎn)生，急求答案
已經(jīng)有4人回復(fù)
- AMBER MMPBSA 計算時建立prmtop文件問題
已經(jīng)有6人回復(fù)
- Amber10作業(yè)正常提交，但是無".mdcrd"和".rst"結(jié)果文件生成
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 求助如何生成有機(jī)物Amber的輸入文件，無PDB文件。
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 求助AMBER10的安裝指導(dǎo)，拜托各位，感謝
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 新手想知道如何用Amber做蛋白質(zhì)分子固定某兩個或多個氨基酸距離的MD計算
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】在NAMD運(yùn)行中使用CHARMM格式的力場文件，但力場參數(shù)來自AMBER力場，會出問題?/a>
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】md跑幾百步之后out文件出現(xiàn)NaN（無報錯）
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【討論】（急！�。┤绾斡肁MBER模擬RNA/DNA，關(guān)鍵是怎么處理輸入文件�。�
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【求助】amber10安裝，有關(guān)MKL和blas庫的疑問
已經(jīng)有3人回復(fù)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jiaoyixiong: 金幣+3, 鼓勵交流 2012-12-18 15:37:19
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jiaoyixiong: 金幣+3, 鼓勵交流 2012-12-18 15:37:19
|
能量最小化： Initial minimisation of our structures &cntrl imin=1, maxcyc=1000, ncyc=500, cut=10, ntb=1, / 加熱： &cntrl nstlim=25000, dt=0.002, ntx=1, irest=0, ntpr=500, ntwr=500,ntwx=500, tempi=10, temp0=298.15, dtemp=10.0, ntt=1, tautp=2.0, ntb=1, ntp=0, ntc=2, ntf=2, nrespa=1, cut = 10.0, &end MD： # Control section &cntrl nstlim=1500000, dt=0.002, ntx=5, irest=1, ntpr=1000, ntwr=500,ntwx=500, tempi=298.15, temp0=298.15, dtemp=10.0, ntt=3, gamma_ln=1, ig=2858, ntb=2, ntp=1, ntc=2, ntf=2, nrespa=1, cut = 10.0, &end 根據(jù)你自己的需要，再進(jìn)行修改吧. 新手上路，也挺不容易 |
2樓2012-12-18 14:00:06
紫漠殘星
木蟲 (正式寫手)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 4 (幼兒園)
- 金幣: 4491.2
- 紅花: 1
- 帖子: 400
- 在線: 98.2小時
- 蟲號: 1406959
- 注冊: 2011-09-18
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
3樓2012-12-18 17:09:48
4樓2012-12-18 21:30:39
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 紫漠殘星 的主題更新
| 4 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研]
 一志愿東華大學(xué)化學(xué)070300，求調(diào)劑
+7
|
2117205181 2026-03-21 | 8/400 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 289材料與化工（085600）B區(qū)求調(diào)劑 +3 | 這么名字咋樣 2026-03-22 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué)調(diào)劑 +5 | Surekei 2026-03-21 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 384求調(diào)劑 +3 | 子系博 2026-03-22 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 286分人工智能專業(yè)請求調(diào)劑愿意跨考！ +4 | lemonzzn 2026-03-17 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 材料與化工（0856）304求B區(qū)調(diào)劑 +3 | 邱gl 2026-03-20 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料工程專碩 348分求調(diào)劑 +3 | 冬辭. 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 302求調(diào)劑 +12 | 呼呼呼。。。。 2026-03-17 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 材料與化工（0856）304求 B區(qū) 調(diào)劑 +3 | 邱gl 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +6 | Mqqqqqq 2026-03-19 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 324分 085600材料化工求調(diào)劑 +4 | llllkkkhh 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 295求調(diào)劑 +4 | 一志愿京區(qū)211 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿南京理工大學(xué)085701資源與環(huán)境302分求調(diào)劑 +4 | 葵梓衛(wèi)隊 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 317求調(diào)劑 +5 | 申子申申 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 中南大學(xué)化學(xué)學(xué)碩337求調(diào)劑 +3 | niko- 2026-03-19 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿南理工085701環(huán)境302求調(diào)劑院校 +3 | 葵梓衛(wèi)隊 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 工科材料085601 279求調(diào)劑 +7 | 困于星晨 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 328求調(diào)劑，英語六級551，有科研經(jīng)歷 +4 | 生物工程調(diào)劑 2026-03-16 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +3 | 妮妮ninicgb 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研]
 11408 一志愿西電，277分求調(diào)劑
+3
|
zhouzhen654 2026-03-16 | 3/150 |
|