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[求助] 土壤DGGE譜圖問題

真心請(qǐng)教關(guān)于DGGE方面問題，上面是我做的關(guān)于土壤細(xì)菌的DGGE，DNA及PCR均很好，但，不明白DGGE圖有帶不亮有哪些問題？謝謝大家了！

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2012-12-27 19:40:54, 1.17 M

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鳥來吃蟲

1樓 2012-12-27 19:43:45

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sunnyface

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

可能1：上樣量太少，加大量，不少于300ng
2：看你圖片拍的不是很清楚，凝膠成像儀最好用Bio-rad
3：跑的有點(diǎn)糊，膠是不是配的時(shí)間太長(zhǎng)了（不超過一個(gè)月）

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2樓2012-12-27 22:28:04

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小小木蟲8580

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

1.用熒光染料還是EB，熒光染料用的GV的還是SYBR的，加了多少ul？至少5ul。你可能是熒光染料加的不夠。
2.上樣量是多少，我們一般50ul體系的PCR產(chǎn)物全部上完。而且你只跑這么幾個(gè)泳道為啥用這么細(xì)的梳子？
3.凝膠成像系統(tǒng)的曝光時(shí)間不夠，或者你的光圈調(diào)的太小了。

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3樓2012-12-28 08:46:56

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riqqqqdx

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引用回帖:

2樓: Originally posted by sunnyface at 2012-12-27 22:28:04
可能1：上樣量太少，加大量，不少于300ng
2：看你圖片拍的不是很清楚，凝膠成像儀最好用Bio-rad
3：跑的有點(diǎn)糊，膠是不是配的時(shí)間太長(zhǎng)了（不超過一個(gè)月）

首先謝謝你！我的上樣量是10ul+buffer5ul；成像儀是沒問題的，膠是剛配的。PCR體系是25ul的。。

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鳥來吃蟲

4樓2012-12-28 09:15:20

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引用回帖:

3樓: Originally posted by 小小木蟲8580 at 2012-12-28 08:46:56
1.用熒光染料還是EB，熒光染料用的GV的還是SYBR的，加了多少ul？至少5ul。你可能是熒光染料加的不夠。
2.上樣量是多少，我們一般50ul體系的PCR產(chǎn)物全部上完。而且你只跑這么幾個(gè)泳道為啥用這么細(xì)的梳子？
3.凝膠成 ...

首先謝謝你！我用EB染色的，上樣量是10ul+5ul的buffer；PCR體系是25ul的。感覺應(yīng)該不會(huì)是成像系統(tǒng)的問題。

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鳥來吃蟲

5樓2012-12-28 09:18:31

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zhengsx

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【答案】應(yīng)助回帖

你做的應(yīng)該是16s吧，（1）條帶多就會(huì)有很多帶不清楚，若是功能類群條帶越少圖就越是漂亮；（2）EB染色不如銀染；（3）你的照片聚焦的確有問題；（4）感覺你沒有重復(fù)啊。

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堅(jiān)持，看準(zhǔn)的一定要堅(jiān)持

6樓2013-01-01 17:01:42

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6樓: Originally posted by zhengsx at 2013-01-01 17:01:42
你做的應(yīng)該是16s吧，（1）條帶多就會(huì)有很多帶不清楚，若是功能類群條帶越少圖就越是漂亮；（2）EB染色不如銀染；（3）你的照片聚焦的確有問題；（4）感覺你沒有重復(fù)啊。

謝謝你，做的是16s的看師兄做的EB染是不錯(cuò)的啊，你說的重復(fù)是什么意思？

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鳥來吃蟲

7樓2013-01-02 10:20:59

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【答案】應(yīng)助回帖

每個(gè)處理至少3次重復(fù)，否則不好發(fā)表。

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堅(jiān)持，看準(zhǔn)的一定要堅(jiān)持

8樓2013-01-03 14:49:00

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