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[求助]
多序列比對，找出序列來源的問題
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求助阿，這個我實在是搞不定，從2012年尾弄到現(xiàn)在了。。。 目標：根據(jù)share 子序列的長度和數(shù)量， 找出K1234 兩條序列的來源。 Input 同下 （結(jié)果希望是：通過比對可知，即有下劃線的部分，K1234的第一條序列來自P1234， K1234的序列二來自M1234）： K1234 T T NA C G G C A T NA C T G G C T NA G G A T C C A A A G C K1234 C A A NA G C C G T A NA G A C C G A NA C C T A G G T T C G P1234 T A A A G C C G A NA C T C C G A C C T A T G C A A A G C P1234 A T T T C G G C T NA C A G C C T G NA A T A C G T T C G G M1234 A A NA G C G A T NA C G A C C T A C C C T A G G T A A G C M1234 A T NA G G C T A G G C T C G A T G G G A T C G A T C G G 但是也不是說只要K序列與P序列有相同的字母就可以的，share的條件： 1,share兩個字母以上 2,相同的子序列的起始位置不一定相同，比如 K1234與P1234 最后， 已知K1234的第一條序列，一定會跟P1234或者M1234中的一條有最多和最長的share。（也就是說，K1234與P1234相同的子序列比K1234與M1234的子序列多；或者K1234與P1234相同的子序列比K1234與M1234的子序列長）。 那么如果對于K的第一條序列來說，相同子序列最多最長者為P，則標記第一條序列為KP1234，反之，則是KM1234。 因為我不希望引入gap,插入，缺失之類的，所以沒有直接用各種sequence alignments 最后先感謝大家了，有關(guān)版主提的意見，我虛心接受。 [ Last edited by 淡藍幽香 on 2013-1-4 at 18:02 ] |
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