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tdl666銅蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
霉菌18SrDNA鑒定，構(gòu)建發(fā)育樹(shù)的問(wèn)題
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小弟在分子生物學(xué)上是小白一個(gè)，將一株菌（斜面）送出去做18SrDNA測(cè)序后，在ncbi上blast出一些相似性較高的序列，發(fā)現(xiàn)序列相似度在99%以上的為L(zhǎng)ichtheimia ramosa橫梗霉屬和Absidia corymbifera犁頭霉屬， 而序列翻譯成蛋白后存在很多斷點(diǎn)，沒(méi)有完整的開(kāi)放式閱讀框；用NJ法建樹(shù)后看不出它的同源性，呈獨(dú)立的分支， 也有的說(shuō)這是Lichtheimia ramosa和Absidia corymbifera同一類菌，但小弟的發(fā)育樹(shù)作不來(lái)，用EzTaxon server 2.1比對(duì)發(fā)表過(guò)的最高的是菌株Mycosphaerella mycopappi ATCC 64711，才80.605%，但菌株形態(tài)學(xué)上很像犁頭霉，我打電話問(wèn)鑒定機(jī)構(gòu)后，說(shuō)我的菌種就那樣，出現(xiàn)這種情況是我菌株自身的問(wèn)題，不是他們測(cè)得不準(zhǔn)，請(qǐng)問(wèn)大家覺(jué)得是他們測(cè)得不準(zhǔn)，還是我發(fā)育樹(shù)做的不好，但小弟做其他菌的發(fā)育樹(shù)一般都沒(méi)問(wèn)題。分離的菌株 和數(shù)據(jù)庫(kù)比較相似度較高的菌株 相似度（%） MA-1 Absidia corymbifera(AF113408) 99.71 Lichtheimia ramosa(JQ004932) 99.65 Lichtheimia ramosa(JQ004933) 99.53 Absidia corymbifera(AF113407) 98.43 Lichtheimia corymbifera(JQ004931) 98.43 Absidia blakesleeana(AF157117) 97.92 Dichotomocladium elegans(AF157131) 90.42 Absidia idahoensis(EU826361) 99.64 Lichtheimia ramosa(JQ775424) 100.00 Lichtheimia ramosa(JQ775419) 99.91 Lichtheimia ramosa(JQ775458) 100.00 Lichtheimia ramosa(JQ775456) 100.00 Absidia hyalospora(EU826360) 97.77 |
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tdl666
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