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霉菌18SrDNA鑒定，構(gòu)建發(fā)育樹的問題
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小弟在分子生物學上是小白一個，將一株菌（斜面）送出去做18SrDNA測序后，在ncbi上blast出一些相似性較高的序列，發(fā)現(xiàn)序列相似度在99%以上的為Lichtheimia ramosa橫梗霉屬和Absidia corymbifera犁頭霉屬， 而序列翻譯成蛋白后存在很多斷點，沒有完整的開放式閱讀框；用NJ法建樹后看不出它的同源性，呈獨立的分支， 也有的說這是Lichtheimia ramosa和Absidia corymbifera同一類菌，但小弟的發(fā)育樹作不來，用EzTaxon server 2.1比對發(fā)表過的最高的是菌株Mycosphaerella mycopappi ATCC 64711，才80.605%，但菌株形態(tài)學上很像犁頭霉，我打電話問鑒定機構(gòu)后，說我的菌種就那樣，出現(xiàn)這種情況是我菌株自身的問題，不是他們測得不準，請問大家覺得是他們測得不準，還是我發(fā)育樹做的不好，但小弟做其他菌的發(fā)育樹一般都沒問題。分離的菌株 和數(shù)據(jù)庫比較相似度較高的菌株 相似度（%） MA-1 Absidia corymbifera(AF113408) 99.71 Lichtheimia ramosa(JQ004932) 99.65 Lichtheimia ramosa(JQ004933) 99.53 Absidia corymbifera(AF113407) 98.43 Lichtheimia corymbifera(JQ004931) 98.43 Absidia blakesleeana(AF157117) 97.92 Dichotomocladium elegans(AF157131) 90.42 Absidia idahoensis(EU826361) 99.64 Lichtheimia ramosa(JQ775424) 100.00 Lichtheimia ramosa(JQ775419) 99.91 Lichtheimia ramosa(JQ775458) 100.00 Lichtheimia ramosa(JQ775456) 100.00 Absidia hyalospora(EU826360) 97.77 |
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oldflying
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tdl666
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oldflying
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