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[求助] 新手求助PCR產(chǎn)物Blast問(wèn)題，先謝謝大家了

目的基因是HSP90
我在NCBI設(shè)計(jì)了一對(duì)引物，產(chǎn)物長(zhǎng)度大概為300bp，但是跑出來(lái)的結(jié)果，電泳顯示為500bp，拿去測(cè)序發(fā)現(xiàn)結(jié)果為500bp，在ncbi上進(jìn)行比對(duì)，結(jié)果顯示為下圖，中間有一個(gè)GAP，求問(wèn)為什么呢？

還有一個(gè)問(wèn)題是正向測(cè)序和反向測(cè)序結(jié)果有什么區(qū)別，我兩個(gè)方向都測(cè)了，結(jié)果不太一樣�。�

反向測(cè)序結(jié)果.jpg

正向測(cè)序.jpg

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1樓 2013-01-12 16:01:51

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2樓: Originally posted by 夏爾list at 2013-01-12 16:22:13
引物不好吧，擴(kuò)出非特異性條帶了。

謝謝回復(fù)，產(chǎn)物測(cè)序后有部分序列比對(duì)是正確的啊。我做的這個(gè)生物的HSP90在ncbi上沒(méi)有數(shù)據(jù)。

你看主要還是引物問(wèn)題嗎？

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3樓2013-01-12 16:24:28

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引物不好吧，擴(kuò)出非特異性條帶了。

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2樓2013-01-12 16:22:13

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300bp的話，不知道是連載體測(cè)，還是直接PCR產(chǎn)物測(cè)的。一般測(cè)序引物那段幾十bp測(cè)不出來(lái)的。

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4樓2013-01-12 16:27:09

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4樓: Originally posted by 夏爾list at 2013-01-12 16:27:09
300bp的話，不知道是連載體測(cè)，還是直接PCR產(chǎn)物測(cè)的。一般測(cè)序引物那段幾十bp測(cè)不出來(lái)的。

我是PCR產(chǎn)物直接測(cè)序的，還有那個(gè)GAP是怎么回事呢？

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5樓2013-01-12 16:31:03

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