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summer2771木蟲 (正式寫手)
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[交流]
蛋白質(zhì)總量，變還是不變�。� 已有8人參與
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請教大家的意見，經(jīng)�？梢钥吹秸撐闹校ò▽W(xué)位論文），只做某些蛋白的磷酸化表達，而不做蛋白總量表達。是否可以理解為，某蛋白的總量跟內(nèi)參一樣，是相對恒定不變的，即便是有波動，但也并無顯著性差異。由此則只要計算出磷酸化表達的相對量即可說明磷酸化率究竟是上升還是下調(diào)，從而表明該蛋白的變化。 我的實驗中出現(xiàn)了有好多例都是各個組的蛋白總量也是有顯著不同的，磷酸化表達也是不同的，我用磷酸化表達/總量表達的Ratio來說明問題，出現(xiàn)的趨勢卻可能是跟磷酸化、總量本身的變化趨勢相反，即磷酸化、總量均上升，但是Ratio卻可能是下調(diào)的。 看國外國內(nèi)很多的論文，從條帶上來看，基本上總量似乎是沒有差異的。 我就有點納悶了，難道我的實驗出現(xiàn)了問題？ |
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
kx444555: 金幣+2, 說的很詳細 2013-01-31 08:26:24
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也可以說明問題啊 如果內(nèi)參不變，而蛋白總量和磷酸化水平都增高，雖然是同向的，也就是說磷酸化的比例不變，但絕對水平上來說翻譯和翻譯后修飾都是增高的 1.分光光度計測的不一定準，最后還是以western跑出來的內(nèi)參為標準調(diào)整上樣 2.總蛋白和磷酸化需要在同一張膜上至少做一次，確認結(jié)果之后為了圖片更好看可以分兩塊跑 3.可以多用幾種內(nèi)參確定你的實驗結(jié)果，也就是說幾種內(nèi)參都一致，而你的總蛋白和磷酸化蛋白水平都上升 |
11樓2013-01-26 04:34:42
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1.Western做的倍數(shù)只是看看的，表示這一次實驗在這種特定情況下的倍數(shù)，并不表示實際量的倍數(shù)。換個同樣位點的磷酸化抗體，換個稀釋度，換個曝光時間，數(shù)據(jù)的偏差會很大，所以說western把圖放上去就行了，有沒差別差別有多大一目了然，做灰度什么的也就撐撐篇幅。而且我覺得在一張膜上做一次是必要的。 2.選用的內(nèi)參的量在處理下改變不改變也是需要確定的因素，為了數(shù)據(jù)的嚴謹做一組內(nèi)參的篩選可以確�？煽俊� 不過如果實驗都做完了的話也無所謂了，把數(shù)據(jù)賣個好價錢就行 |
22樓2013-01-30 20:52:47
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謝謝各位戰(zhàn)友的熱心回復(fù)！ 我是同時做了磷酸化與蛋白總量的，但是發(fā)現(xiàn)有個問題，就是我的蛋白總量也是變化的，而且具有顯著性的差異，磷酸化也是有變化的，比如：某一個蛋白的蛋白總量，實驗組與對照組相比，是升高的；磷酸化表達的相對倍數(shù)也是升高的；但是用磷酸化表達/蛋白總量后，比值卻是下降的.... 有朋友告訴我說，一般總量是不變，即變化比較小，沒有顯著性差異，倍數(shù)來看，可能是1.0幾或者是0.9幾倍，統(tǒng)計出來的結(jié)果是p大于0.05的。我看過的論文中，做了磷酸化與總量的，從條帶來看，都是比較齊的，看不出會有顯著性的差異。這是我比較納悶的地方。畢竟磷酸化表達只是蛋白表達中很小的一部分，所以即便是磷酸化表達有變化，總量應(yīng)該是相對較為恒定，沒有顯著性升高或降低的。 |
5樓2013-01-25 11:12:38
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