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化學化工系銀蟲 (初入文壇)
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[求助]
求助NAMD相關問題
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| 本人新手，想請教有關NAMD中拓撲文件和力場是如何根據(jù)體系選擇的，比如蛋白和有機小分子的復合體系應該選擇哪種拓撲文件和力場等等。如有相關文件附上不勝感激。 |
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fhh2626
木蟲 (正式寫手)
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【答案】應助回帖
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拓撲文件是自己寫的，NAMD的網(wǎng)站里面有一個關于怎樣寫拓撲文件的教程 力場文件的話。。一般用得比較多的就是CHARMM了（也支持AMBER和MARTINI，但是MARTINI似乎并不愿意支持NAMD） CHARMM力場在這里下載： http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html 其中na是核酸的力場 cgenff是有機小分子普適力場 carb是糖類的力場 ether是醚的力場 prot是蛋白質力場 lipid是脂類的力場 |
2樓2013-02-27 12:11:06
化學化工系
銀蟲 (初入文壇)
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3樓2013-03-03 14:14:35
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