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化學(xué)化工系銀蟲 (初入文壇)
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[求助]
求助NAMD相關(guān)問題
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| 本人新手,想請教有關(guān)NAMD中拓?fù)湮募土鍪侨绾胃鶕?jù)體系選擇的,比如蛋白和有機小分子的復(fù)合體系應(yīng)該選擇哪種拓?fù)湮募土龅鹊。如有相關(guān)文件附上不勝感激。 |
銀蟲 (初入文壇)
木蟲 (正式寫手)
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拓?fù)湮募亲约簩懙,NAMD的網(wǎng)站里面有一個關(guān)于怎樣寫拓?fù)湮募慕坛?br />
力場文件的話。。一般用得比較多的就是CHARMM了(也支持AMBER和MARTINI,但是MARTINI似乎并不愿意支持NAMD) CHARMM力場在這里下載: http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html 其中na是核酸的力場 cgenff是有機小分子普適力場 carb是糖類的力場 ether是醚的力場 prot是蛋白質(zhì)力場 lipid是脂類的力場 |
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