小木蟲(chóng)于

金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

應(yīng)助: 5 (幼兒園)
金幣: 1055.4
散金: 56
紅花: 1
帖子: 419
在線(xiàn): 293.1小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 1027530
注冊(cè): 2010-05-25
性別: GG
專(zhuān)業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

[求助] siesta并行計(jì)算出錯(cuò)

我用ifort11+mvapich2并行編譯siesta-3.2成功了，在arch.make中加入了DUMMY_FOX=--enable-dummy。并行計(jì)算時(shí)能運(yùn)行很多步，但是總是在中途停止，出現(xiàn)錯(cuò)誤：
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image             PC             Routine          Line       Source
siesta          00000000008E320F  Unknown             Unknown  Unknown
libpthread.so.0 000000315820EB10  Unknown             Unknown  Unknown
siesta          00000000008E31EB  Unknown             Unknown  Unknown
libpthread.so.0 000000315820EB10  Unknown             Unknown  Unknown

=====================================================================================
= BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
= EXIT CODE: 44544
= CLEANING UP REMAINING PROCESSES
= YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES
=====================================================================================
誰(shuí)有解決辦法。

回復(fù)此樓

» 猜你喜歡

11408軟件工程求調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)
一志愿211 初試270分求調(diào)劑已經(jīng)有8人回復(fù)
300求調(diào)劑，材料科學(xué)英一數(shù)二已經(jīng)有6人回復(fù)
學(xué)碩274求調(diào)劑已經(jīng)有9人回復(fù)
本科雙非材料，跨考一志愿華電085801電氣，283求調(diào)劑，任何專(zhuān)業(yè)都可以已經(jīng)有7人回復(fù)
各位老師好，我的一志愿為北京科技大學(xué)085601材料專(zhuān)碩已經(jīng)有3人回復(fù)
317分一志愿南理工材料工程本科湖工大求調(diào)劑已經(jīng)有7人回復(fù)
081200-11408-276學(xué)碩求調(diào)劑已經(jīng)有5人回復(fù)
316求調(diào)劑已經(jīng)有7人回復(fù)
322求調(diào)劑已經(jīng)有7人回復(fù)

» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:

求助用siesta計(jì)算COHP 已經(jīng)有16人回復(fù)
vasp 集群并行出錯(cuò) 已經(jīng)有7人回復(fù)
提交siesta任務(wù)計(jì)算失敗已經(jīng)有11人回復(fù)
ifort（mpiifort）并行編譯siesta 已經(jīng)有9人回復(fù)
SIESTA計(jì)算能級(jí)不準(zhǔn)怎么解決已經(jīng)有10人回復(fù)
siesta計(jì)算dipole moment（電偶極矩）已經(jīng)有7人回復(fù)
原來(lái)編譯的siesta突然不能用，重新編譯沒(méi)錯(cuò)，運(yùn)行出錯(cuò) 已經(jīng)有13人回復(fù)
transiesta計(jì)算運(yùn)行出錯(cuò) 已經(jīng)有4人回復(fù)
關(guān)于SIESTA中如何計(jì)算功函數(shù)的一種做法探討已經(jīng)有8人回復(fù)
siesta計(jì)算弱相互作用VDW 已經(jīng)有17人回復(fù)
【求助】siesta進(jìn)行ordern計(jì)算出錯(cuò)求助已經(jīng)有4人回復(fù)
【求助】安裝siesta2.0.2時(shí)如何編譯arch.make？？已經(jīng)有17人回復(fù)
【求助】如何在siesta中設(shè)置ghost state原子的計(jì)算已經(jīng)有16人回復(fù)
【求助】哪位有siesta-3.0-rc2呀？已經(jīng)有8人回復(fù)
【求助】smeagol并行計(jì)算失敗，求助已經(jīng)有5人回復(fù)
【求助】siesta 計(jì)算DOS應(yīng)該注意什么問(wèn)題已經(jīng)有3人回復(fù)
【求助】mkl+ifort+openmpi+siesta3.并行安裝出錯(cuò) 已經(jīng)有8人回復(fù)
【求助】siesta3.0 安裝，錯(cuò)誤一籮筐已經(jīng)有11人回復(fù)
【求助】siesta中transiesta模塊的收斂問(wèn)題已經(jīng)有13人回復(fù)
【求助】forrtl: error (78): 怎么回事？已經(jīng)有7人回復(fù)

1樓 2013-04-05 12:11:48

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

love5264

木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

應(yīng)助: 108 (高中生)
金幣: 1638
散金: 1407
紅花: 31
帖子: 839
在線(xiàn): 587小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 771499
注冊(cè): 2009-05-15
專(zhuān)業(yè): 功能陶瓷

【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
小木蟲(chóng)于: 金幣+2, ★有幫助 2013-04-05 15:27:11

感覺(jué)你應(yīng)該是編譯問(wèn)題，
你可以吧make文件貼出來(lái)，大家?guī)湍憧纯础?br /> libpthread.so.0 這個(gè)你檢查一下。

我是用ifort 13.2 + openmpi 1.6.4 ，或者你換高版本編譯試試。

贊一下

回復(fù)此樓

謀定而動(dòng)

2樓2013-04-05 13:27:42

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

小木蟲(chóng)于

金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

應(yīng)助: 5 (幼兒園)
金幣: 1055.4
散金: 56
紅花: 1
帖子: 419
在線(xiàn): 293.1小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 1027530
注冊(cè): 2010-05-25
性別: GG
專(zhuān)業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

引用回帖:

2樓: Originally posted by love5264 at 2013-04-05 13:27:42
感覺(jué)你應(yīng)該是編譯問(wèn)題，
你可以吧make文件貼出來(lái)，大家?guī)湍憧纯础?br /> libpthread.so.0 這個(gè)你檢查一下。

我是用ifort 13.2 + openmpi 1.6.4 ，或者你換高版本編譯試試。

#
# This file is part of the SIESTA package.
#
# Copyright (c) Fundacion General Universidad Autonoma de Madrid:
# E.Artacho, J.Gale, A.Garcia, J.Junquera, P.Ordejon, D.Sanchez-Portal
# and J.M.Soler, 1996- .
#
# Use of this software constitutes agreement with the full conditions
# given in the SIESTA license, as signed by all legitimate users.
#
.SUFFIXES:
.SUFFIXES: .f .F .o .a .f90 .F90

SIESTA_ARCH=x86_64-gnu--ifort11+mvapich2

FPP=
FPP_OUTPUT=
FC=/data3/home/yugd/mvapich2/bin/mpif90
RANLIB=ranlib

SYS=nag

SP_KIND=4
DP_KIND=8
KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND)

DUMMY_FOX=--enable-dummy
FFLAGS=-O2 -mkl=parallel
FPPFLAGS= -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT
LDFLAGS=

ARFLAGS_EXTRA=

FCFLAGS_fixed_f=
FCFLAGS_free_f90=
FPPFLAGS_fixed_F=
FPPFLAGS_free_F90=

MKL_PATH=$(MKLROOT)/lib/em64t
BLAS_LIBS=/data3/home/yugd/intel/Compiler/11.1/072/mkl/interfaces/blas95/lib/em64t/libmkl_blas95_lp64.a
LAPACK_LIBS=/data3/home/yugd/intel/Compiler/11.1/072/mkl/interfaces/lapack95/lib/em64t/libmkl_lapack95_lp64.a
BLACS_LIBS=$(MKL_PATH)/libmkl_blacs_intelmpi_lp64.a
SCALAPACK_LIBS= $(MKL_PATH)/libmkl_scalapack_lp64.a

COMP_LIBS=

NETCDF_LIBS=
NETCDF_INTERFACE=

LIBS=$(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) -L/data3/home/yugd/intel/Compiler/11.1/072/mkl/lib/em64t -lmkl_core -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lguide -limf

#SIESTA needs an F90 interface to MPI
#This will give you SIESTA's own implementation
#If your compiler vendor offers an alternative, you may change
#to it here.
MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a
MPI_INCLUDE=/data3/home/yugd/mvapich2/include

#Dependency rules are created by autoconf according to whether
#discrete preprocessing is necessary or not.
.F.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F)  $<
.F90.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $<
.f.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f)  $<
.f90.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90)  $<

你好，這是我的arch.make，多謝幫我看一下問(wèn)題在哪。能把你用ifort13+opimei1.6的arch.make發(fā)給我一份么，yugd0611@mails.jlu.edu.cn，多謝。

贊一下

回復(fù)此樓

3樓2013-04-05 14:42:11

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

love5264

木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

應(yīng)助: 108 (高中生)
金幣: 1638
散金: 1407
紅花: 31
帖子: 839
在線(xiàn): 587小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 771499
注冊(cè): 2009-05-15
專(zhuān)業(yè): 功能陶瓷

【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
franch: 金幣+2, 謝謝回帖交流，， 2013-04-08 21:08:46

感覺(jué) 可能是這個(gè)問(wèn)題
FFLAGS=-O2 -mkl=parallel
你刪掉-mkl=parallel試試。

贊一下

回復(fù)此樓

» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）

小木蟲(chóng)于

謀定而動(dòng)

4樓2013-04-05 14:46:59

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

小木蟲(chóng)于

金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

應(yīng)助: 5 (幼兒園)
金幣: 1055.4
散金: 56
紅花: 1
帖子: 419
在線(xiàn): 293.1小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 1027530
注冊(cè): 2010-05-25
性別: GG
專(zhuān)業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

送鮮花一朵

引用回帖:

4樓: Originally posted by love5264 at 2013-04-05 14:46:59
感覺(jué) 可能是這個(gè)問(wèn)題
FFLAGS=-O2 -mkl=parallel
你刪掉-mkl=parallel試試。

好像是沒(méi)有關(guān)注吧，原來(lái)我沒(méi)加這項(xiàng)時(shí)，也出錯(cuò)。我試一試。

贊一下

回復(fù)此樓

5樓2013-04-05 14:49:47

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

love5264

木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

應(yīng)助: 108 (高中生)
金幣: 1638
散金: 1407
紅花: 31
帖子: 839
在線(xiàn): 587小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 771499
注冊(cè): 2009-05-15
專(zhuān)業(yè): 功能陶瓷

【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
franch: 金幣+2, 謝謝回帖交流，， 2013-04-08 21:09:04

引用回帖:

5樓: Originally posted by 小木蟲(chóng)于 at 2013-04-05 14:49:47
好像是沒(méi)有關(guān)注吧，原來(lái)我沒(méi)加這項(xiàng)時(shí)，也出錯(cuò)。我試一試。...

siesta不支持openMP并行的

贊一下

回復(fù)此樓

謀定而動(dòng)

6樓2013-04-05 14:54:21

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

最具人氣熱帖推薦 [查看全部]	作者	回/看	最后發(fā)表

[考研] 22408 359分調(diào)劑 +4	Qshers 2026-03-27	5/250	2026-03-28 21:26 by zhq0425
[考研] 0703 化學(xué) 求調(diào)劑，一志愿山東大學(xué) 342 分 +3	Shern—- 2026-03-28	3/150	2026-03-28 21:24 by 唐沐兒
[考研] 083000學(xué)碩274求調(diào)劑 +8	Li李魚(yú) 2026-03-26	8/400	2026-03-28 20:33 by 加油向未來(lái)啊
[考研] 086000調(diào)劑 +3	7901117076 2026-03-26	3/150	2026-03-27 21:34 by Jianing_Mi
[考研] 一志愿上海理工能源動(dòng)力（085800）310分求調(diào)劑 +3	zhangmingc 2026-03-27	4/200	2026-03-27 19:01 by 給你你注意休息
[考研] 材料292調(diào)劑 +12	橘頌思美人 2026-03-23	12/600	2026-03-27 15:44 by caszguilin
[考研] 085600材料與化工調(diào)劑 +10	A-哆啦Z夢(mèng) 2026-03-23	16/800	2026-03-27 15:13 by caszguilin
[考研] 085600，材料與化工321分調(diào)劑 +4	大饞小子 2026-03-27	6/300	2026-03-27 14:11 by 松花缸1201
[考研] 286求調(diào)劑 +4	lim0922 2026-03-26	4/200	2026-03-27 10:28 by guoweigw
[考研] 材料學(xué)碩333求調(diào)劑 +8	北道巷 2026-03-24	8/400	2026-03-27 10:18 by 我是小康
[考研] 調(diào)劑 +4	柚柚yoyo 2026-03-26	4/200	2026-03-26 20:43 by fmesaito
[考研] 化學(xué)工程085602 305分求調(diào)劑 +17	RichLi_ 2026-03-25	17/850	2026-03-26 19:44 by plmuchong
[考研] 機(jī)械學(xué)碩310分，數(shù)一英一，一志愿211本科雙非找調(diào)劑信息 +3	@357 2026-03-25	3/150	2026-03-26 16:34 by by.MENG
[考研] 297求調(diào)劑 +6	田洪有 2026-03-26	6/300	2026-03-26 15:55 by 不吃魚(yú)的貓
[考研] 303求調(diào)劑 +6	藍(lán)山月 2026-03-25	6/300	2026-03-25 22:47 by 418490947
[考研] 一志愿河北工業(yè)大學(xué)0817化工278分求調(diào)劑 +7	jhybd 2026-03-23	12/600	2026-03-24 09:03 by jhybd
[考研] 一志愿國(guó)科過(guò)程所081700，274求調(diào)劑 +3	三水研0水立方 2026-03-23	3/150	2026-03-23 23:11 by MajorWen
[考研] 293求調(diào)劑 +3	濤濤Wjt 2026-03-22	5/250	2026-03-22 22:21 by jiangpengfei
[考研] 求調(diào)劑 +5	Zhangbod 2026-03-21	7/350	2026-03-22 13:13 by Zhangbod
[考研] 285求調(diào)劑 +6	ytter 2026-03-22	6/300	2026-03-22 12:09 by 星空星月