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DS跑動(dòng)力學(xué)，帶水分子的蛋白的水需要?jiǎng)h掉嗎？
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rt，不刪掉的話，后面還用加上NaCl溶液環(huán)境嗎？ 不刪掉的話，后面跑平衡之前固定時(shí)要固定沒刪除的水分子嘛？ 另外：我看的教程里面一個(gè)是平衡后直接production 一個(gè)是使用Standard Dynamics Cascade，里面多了個(gè)加熱heating 使用哪個(gè)比較好？ 最后：number of processors，看說明最多只能填2，我看教程里面填的8,8核，可能嗎？ 我的是ds2.5 |
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wangyan10
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
liaibo: 金幣+50, ★★★很有幫助, 謝謝回復(fù) 2013-04-10 20:59:06
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| 首先你說的蛋白質(zhì)中的水分子，是蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)中的結(jié)晶水嗎？再說你提到的第二個(gè)問題。在進(jìn)行動(dòng)力學(xué)模擬的時(shí)候向水盒子中添加氯離子和鈉離子一是為了起抗衡作用（即是模擬體系呈現(xiàn)電中性），二是為了模擬生理環(huán)境。（至少我知道的加如抗衡離子的目的是這兩個(gè)，也可能有其他的目的。）需不需要加抗衡離子，要看你自己的體系是什么樣的。DS的分子動(dòng)力學(xué)模擬采用的是CHARMM力場，計(jì)算速度的話還是稍微慢一點(diǎn)的。采用分步動(dòng)力學(xué)模擬（就是你說的平衡之后直接production run），這樣便于在計(jì)算出錯(cuò)的時(shí)候來進(jìn)行續(xù)算。要是用Standard Dynamics Cascade的話就是每一步都是程序自動(dòng)去計(jì)算，出錯(cuò)之后就不能續(xù)算了。（尤其是用DS做動(dòng)力學(xué)模擬的時(shí)候，如果是在WIN環(huán)境下，還是比較容易出錯(cuò)的。）動(dòng)力學(xué)過程需不需要加熱，各有說法。就看你自己的選擇了。反正一般做的時(shí)候都會(huì)是加熱，平衡，然后production的。支不支持并行，要看你的DS中動(dòng)力學(xué)模擬那個(gè)模塊裝沒裝并行。另外在WIN環(huán)境下進(jìn)行并行計(jì)算容易出錯(cuò)。如果是LINUX的話，出錯(cuò)幾率比較低。 |
2樓2013-04-10 18:46:29
3樓2013-04-10 21:00:40
wangyan10
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4樓2013-04-10 21:22:55
5樓2013-04-10 21:31:43
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6樓2013-04-10 21:51:24
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liaibo7樓2013-04-11 10:27:44
8樓2013-04-11 21:03:44
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