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DS跑動力學，帶水分子的蛋白的水需要刪掉嗎？
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rt，不刪掉的話，后面還用加上NaCl溶液環(huán)境嗎？ 不刪掉的話，后面跑平衡之前固定時要固定沒刪除的水分子嘛？ 另外：我看的教程里面一個是平衡后直接production 一個是使用Standard Dynamics Cascade，里面多了個加熱heating 使用哪個比較好？ 最后：number of processors，看說明最多只能填2，我看教程里面填的8,8核，可能嗎？ 我的是ds2.5 |
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9樓2013-07-04 18:00:41
wangyan10
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
liaibo: 金幣+50, ★★★很有幫助, 謝謝回復(fù) 2013-04-10 20:59:06
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| 首先你說的蛋白質(zhì)中的水分子，是蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)中的結(jié)晶水嗎？再說你提到的第二個問題。在進行動力學模擬的時候向水盒子中添加氯離子和鈉離子一是為了起抗衡作用（即是模擬體系呈現(xiàn)電中性），二是為了模擬生理環(huán)境。（至少我知道的加如抗衡離子的目的是這兩個，也可能有其他的目的。）需不需要加抗衡離子，要看你自己的體系是什么樣的。DS的分子動力學模擬采用的是CHARMM力場，計算速度的話還是稍微慢一點的。采用分步動力學模擬（就是你說的平衡之后直接production run），這樣便于在計算出錯的時候來進行續(xù)算。要是用Standard Dynamics Cascade的話就是每一步都是程序自動去計算，出錯之后就不能續(xù)算了。（尤其是用DS做動力學模擬的時候，如果是在WIN環(huán)境下，還是比較容易出錯的。）動力學過程需不需要加熱，各有說法。就看你自己的選擇了。反正一般做的時候都會是加熱，平衡，然后production的。支不支持并行，要看你的DS中動力學模擬那個模塊裝沒裝并行。另外在WIN環(huán)境下進行并行計算容易出錯。如果是LINUX的話，出錯幾率比較低。 |
2樓2013-04-10 18:46:29
3樓2013-04-10 21:00:40
wangyan10
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6樓2013-04-10 21:51:24
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