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wubingqi
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amisking: 金幣+2, 鼓勵(lì)積極發(fā)帖幫助解答問(wèn)題。 2013-05-06 20:54:39
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| 可以建在一起，但是我建議你選擇模式菌株來(lái)建樹(shù)，不然你上面一些同種的菌株居然不在一個(gè)分支上，難以解釋。這個(gè)樹(shù)外群沒(méi)有什么問(wèn)題。 |
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2樓2013-05-06 17:28:09
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4樓2013-05-06 21:20:57
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BLAST出來(lái)的，是有那些細(xì)菌和你的細(xì)菌序列相似，然后你需要找到結(jié)果中所有不同種屬的但是相似度較高（我一般所有相似度在99%的）模式菌株。然后用這些模式菌株和你的測(cè)序的菌株構(gòu)建發(fā)育樹(shù)。這樣做的目的是，模式菌株序列是確定爭(zhēng)取的，而Genbank上的都是研究人員提交的，肯定有部分是有錯(cuò)誤的。 至于模式菌株，你可以到這里http://147.47.212.35:8080/index.jsp，直接比對(duì)你的菌，出來(lái)的結(jié)果就是模式菌株�；蛘呤�，你到http://www.bacterio.cict.fr/ 這里挨個(gè)搜索你在NCBI中比對(duì)出來(lái)的那些相似度較高的種屬的模式菌株。 |
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5樓2013-05-07 09:23:25
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6樓2013-05-07 16:06:02
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我還想問(wèn)一下，每個(gè)種的模式菌株是不是就只有一個(gè)��？我在這個(gè)網(wǎng)站上http://www.bacterio.cict.fr/找的，另一個(gè)網(wǎng)站打不開(kāi)。麻煩再幫忙看一下這個(gè)樹(shù)有沒(méi)有什么問(wèn)題？我的這兩株菌是一個(gè)新的種嗎？ 未命名.gif |
7樓2013-05-09 19:18:01
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一般來(lái)說(shuō)一個(gè)種只有一個(gè)模式菌株，如果后來(lái)發(fā)現(xiàn)了某些亞種，可能會(huì)有另外的。 只通過(guò)16s 測(cè)序，構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)只是對(duì)菌株的分類(lèi)有個(gè)大致的確認(rèn)，很多情況下只能鑒定到屬，而不是種。對(duì)菌株的鑒定還需要通過(guò)生理生化試驗(yàn)什么的的綜合考慮。 另外，僅僅通過(guò)測(cè)序無(wú)法確定是不是新種，新種一般是與目前已經(jīng)的所有種屬的基因相似度在97%以下，另外你還需要購(gòu)買(mǎi)一些模式菌株，雜交才能最終確認(rèn)，否則不一定會(huì)承認(rèn)。 |
8樓2013-05-10 09:03:19
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