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有關(guān)構(gòu)建細菌發(fā)育樹的序列問題
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準備寫論文，請教大家構(gòu)建細菌發(fā)育樹一般要選多少個序列？三四個目的菌能不能建到同一個樹上？下面的圖是建的樹，CSY-P1 CSY-P2 CSY-P3 是我的目的菌，麻煩大家看看有沒有啥問題，外圍枝選的行不行？選這些序列少不少啊 未命名.gif [ Last edited by 知識無價 on 2013-5-6 at 10:37 ] |
回復(fù)此樓» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
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wubingqi
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2樓2013-05-06 17:28:09
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wubingqi
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【答案】應(yīng)助回帖
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知識無價: 金幣+10, ★★★★★最佳答案, 非常感謝你耐心的回答，受益匪淺。 2013-05-07 11:02:13
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BLAST出來的，是有那些細菌和你的細菌序列相似，然后你需要找到結(jié)果中所有不同種屬的但是相似度較高（我一般所有相似度在99%的）模式菌株。然后用這些模式菌株和你的測序的菌株構(gòu)建發(fā)育樹。這樣做的目的是，模式菌株序列是確定爭取的，而Genbank上的都是研究人員提交的，肯定有部分是有錯誤的。 至于模式菌株，你可以到這里http://147.47.212.35:8080/index.jsp，直接比對你的菌，出來的結(jié)果就是模式菌株�；蛘呤�，你到http://www.bacterio.cict.fr/ 這里挨個搜索你在NCBI中比對出來的那些相似度較高的種屬的模式菌株。 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
5樓2013-05-07 09:23:25
6樓2013-05-07 16:06:02
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我還想問一下，每個種的模式菌株是不是就只有一個�。课以谶@個網(wǎng)站上http://www.bacterio.cict.fr/找的，另一個網(wǎng)站打不開。麻煩再幫忙看一下這個樹有沒有什么問題？我的這兩株菌是一個新的種嗎？ 未命名.gif |
7樓2013-05-09 19:18:01
wubingqi
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8樓2013-05-10 09:03:19
9樓2013-05-10 10:53:03
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