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hahavv新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
克隆時(shí)出現(xiàn)的和目的基因相似度很高的片段是什么
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我在做TA克隆過(guò)程中，挑菌測(cè)序時(shí)除了獲得目的片段A外，有一個(gè)菌落的片段B與目的片段相似程度很高，用的是cDNA做模板，物種是牛，目前已有基因組序列。在對(duì)B比對(duì)時(shí)沒(méi)有搜到符合的序列，即使用部分片段比對(duì)也沒(méi)結(jié)果，而A可以比對(duì)到結(jié)果。我現(xiàn)在困惑的是A和B的關(guān)系怎樣的？為何基因組數(shù)據(jù)都有還比對(duì)不到呢，如果B和A是同一個(gè)家族的，要如何才能獲得B的全長(zhǎng)呢，部分序列比對(duì)見(jiàn)圖，全長(zhǎng)的比對(duì)相似程度為77%。請(qǐng)大家?guī)臀宜伎家幌逻@個(gè)問(wèn)題 360軟件小助手截圖20130510190804.jpg |
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bullfrog325
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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gyesang: 金幣+1, 鼓勵(lì)回帖應(yīng)助！ 2013-05-10 22:46:11
gyesang: 金幣+1, 鼓勵(lì)回帖應(yīng)助！ 2013-05-10 22:46:11
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A和B的關(guān)系應(yīng)該是homolog. 為什么BLAST B沒(méi)有結(jié)果? 可能B的序列還沒(méi)有被發(fā)現(xiàn), 雖然全基因組測(cè)序完成了, 但是總有空隙還沒(méi)有拼接好. 為保險(xiǎn)起見(jiàn), 樓主可以搜索已經(jīng)發(fā)表的, 和你用的cDNA相仿的RNA-seq數(shù)據(jù), 從原始數(shù)據(jù)里找, 看看里面有沒(méi)有你發(fā)現(xiàn)的B序列. 樓主可以設(shè)計(jì)對(duì)B特異性強(qiáng)的引物做3'和5' RACE. |
2樓2013-05-10 22:19:13
muyouleya
銅蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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3樓2013-05-21 20:01:46
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