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[求助]
有沒(méi)有軟件可以截取pdb文件啊
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| 請(qǐng)教一下，我想從一個(gè)pdb文件里截取特定的一小段序列對(duì)應(yīng)的結(jié)構(gòu)，有沒(méi)有軟件可以截取pdb文件啊，比如說(shuō)vmd可以嗎？ |
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fhh2626
木蟲 (正式寫手)
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- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
3樓2013-06-17 20:14:43
2樓2013-06-17 20:11:31
【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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當(dāng)然可以啦，VMD 非常方便的， 1、打個(gè)比方說(shuō)，你需要的“一小段序列對(duì)應(yīng)的結(jié)構(gòu)” 是從38 到 54 個(gè)原子，則VMD 命令： set sel [atomselect top "serial >=38 and serial <=54"] $sel writepdb ok.pdb 這樣你需要的部分就存在ok.pdb里了。 2、你也可以根據(jù)所需要的“一小段序列對(duì)應(yīng)的結(jié)構(gòu)” 的rename resid 等等信息來(lái)選擇。稍微看一下VMD 手冊(cè)就知道了。 |
4樓2013-06-17 20:27:42
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