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王之御魂木蟲 (小有名氣)
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[求助]
真菌DNA提取測序的一些問題
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最近想對一株篩選到的真菌測序鑒定下，以前也沒做過分子方面的實驗，想請教前輩們幾個問題: 1.提取DNA時用的樣品應該用什么，是用搖瓶里的菌絲體還是平板上的菌落（平板上的菌落上有孢子，會對提取有什么影響嗎）？ 2.我看了下生工的試劑盒，一種是只有Buffer Digestion，Buffer PF，TE Buffer的DNA抽提試劑盒，還一種是Ezup柱式DNA抽提試劑盒（有純化套件，Buffer Digestion，Buffer PF，Buffer BD，PW Solution，Wash Solution，TE Buffer，Proteinase K），應該買哪一種試劑盒？ 3.18S rDNA的通用引物NS1/NS8也是在生工合成嗎？ 4.用做細菌的PCR反應體系有關系嗎？ 5.PCR完后可以直接送去測序嗎？我看了下論壇上的貼，ITS方法測序貌似和PCR產(chǎn)物直接測序沒什么差別是嗎？  望各位前輩賜教 |
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【答案】應助回帖
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感謝參與，應助指數(shù) +1
王之御魂(myprayer代發(fā)): 金幣+3, 回答很好，perfect 2013-07-08 17:37:33
王之御魂: 金幣+50, ★★★很有幫助 2013-07-09 08:54:30
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1：一般將菌種接種到液體培養(yǎng)基上擴大培養(yǎng)得到的菌液去抽提基因組DNA; 2：試劑盒都么有什么太大的問題只要你能得到比較純的基因組DNA; 3：18S引物都可以在生工合成； 4：PCR體系有細菌的也行的，同一擴增體系我都同時做16S/18S,都沒問題； 5: PCR產(chǎn)物一般大于20ng/ul就可以送測序了 |
2樓2013-07-08 17:34:53
王之御魂
木蟲 (小有名氣)
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3樓2013-07-09 08:55:38
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4樓2013-07-13 12:59:09
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6樓2017-08-01 21:16:15
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