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王之御魂木蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
真菌DNA提取測(cè)序的一些問(wèn)題
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最近想對(duì)一株篩選到的真菌測(cè)序鑒定下，以前也沒(méi)做過(guò)分子方面的實(shí)驗(yàn)，想請(qǐng)教前輩們幾個(gè)問(wèn)題: 1.提取DNA時(shí)用的樣品應(yīng)該用什么，是用搖瓶里的菌絲體還是平板上的菌落（平板上的菌落上有孢子，會(huì)對(duì)提取有什么影響嗎）？ 2.我看了下生工的試劑盒，一種是只有Buffer Digestion，Buffer PF，TE Buffer的DNA抽提試劑盒，還一種是Ezup柱式DNA抽提試劑盒（有純化套件，Buffer Digestion，Buffer PF，Buffer BD，PW Solution，Wash Solution，TE Buffer，Proteinase K），應(yīng)該買哪一種試劑盒？ 3.18S rDNA的通用引物NS1/NS8也是在生工合成嗎？ 4.用做細(xì)菌的PCR反應(yīng)體系有關(guān)系嗎？ 5.PCR完后可以直接送去測(cè)序嗎？我看了下論壇上的貼，ITS方法測(cè)序貌似和PCR產(chǎn)物直接測(cè)序沒(méi)什么差別是嗎？  望各位前輩賜教 |
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王之御魂
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4樓2013-07-13 12:59:09
yeelng
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1：一般將菌種接種到液體培養(yǎng)基上擴(kuò)大培養(yǎng)得到的菌液去抽提基因組DNA; 2：試劑盒都么有什么太大的問(wèn)題只要你能得到比較純的基因組DNA; 3：18S引物都可以在生工合成； 4：PCR體系有細(xì)菌的也行的，同一擴(kuò)增體系我都同時(shí)做16S/18S,都沒(méi)問(wèn)題； 5: PCR產(chǎn)物一般大于20ng/ul就可以送測(cè)序了 |
2樓2013-07-08 17:34:53
王之御魂
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