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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » MS » 時間步長1fs
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huangshuang1木蟲 (著名寫手)
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[求助]
時間步長1fs
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審稿人意見： 不能武斷地說模擬時間步長1.0 fs。在分子動力學模擬中，時間尺度是根據描述van der Waals相互作用的Lennard-Jones勢中的參數來決定的，在模擬中, 選其中一個原子的質量m和直徑分\sigma別作為質量尺度和長度的尺度，取某一對原子的相互作用\epsilon為能量尺度，這樣就確定了在模擬中的時間尺度為t=(m\sigma^2/\epsilon)^(1/2),根據這些具體的參數值來計算時間尺度。參見書41頁: Daan Frenkel & Berend Smit, Understanding Molecular Simulation : From Algorithms to Applications, 第二版。 請問，這怎么計算出準確的時間步長？？有誰有具體的計算過程嗎？ |
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fhh2626
木蟲 (正式寫手)
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huangshuang1: 金幣+40, ★★★★★最佳答案, 謝謝你拉，很有幫助 2013-08-08 08:19:12
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審稿人說的那本書在這里下載 http://ishare.iask.sina.com.cn/f/16968127.html 這本書41頁講的是簡化單位的問題，完全不是什么時間尺度 而且積分步長本來就是人為指定的，一般在溶液中視情況定位2fs或1fs，在真空中定為0.5fs，當然具體的原因可以看陳正隆的那本書，不過沒有哪篇論文會去講積分步長是怎么選擇的。。。 懷疑審稿人不是專業(yè)做分子模擬的，隨便提了個問題敷衍了事，你可以和你導師商量下怎么弄 |
3樓2013-08-07 23:27:14
pigrass
專家顧問 (著名寫手)
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2樓2013-08-05 15:11:55
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