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小小佐羅2木蟲 (正式寫手)
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[求助]
菌株16s鑒定（系統(tǒng)發(fā)育樹）
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大家好：最近在做細(xì)菌的16s的鑒定工作，遇到很多問(wèn)題，想向大家請(qǐng)教一下，首先我用了16s通用引物進(jìn)行測(cè)序，測(cè)序結(jié)果在NCBI上進(jìn)行BLAST比對(duì)，結(jié)果發(fā)現(xiàn)和很多菌的同源性都在99%，最后查了一些資料通過(guò)系統(tǒng)發(fā)育樹來(lái)鑒定，于是下載了同源性>98%的標(biāo)準(zhǔn)菌株16s序列利用mega5建立系統(tǒng)發(fā)育樹，結(jié)果沒有和一種菌在同一枝上面，附圖，第一次做也不知道問(wèn)題出在哪里，只是想通過(guò)系統(tǒng)發(fā)育樹找到最近的那個(gè)菌株初步確定菌株種屬。還望大神指點(diǎn)！謝謝！ E@}}]`6UHLVMMUQG4J5SL5B.jpg |
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小小佐羅2
木蟲 (正式寫手)
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2樓2013-08-13 09:04:41
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
小小佐羅2: 金幣+5, ★★★★★最佳答案, 謝謝你的幫助，現(xiàn)在做不了生化鑒定 頭大 2013-08-17 20:19:13
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
小小佐羅2: 金幣+5, ★★★★★最佳答案, 謝謝你的幫助，現(xiàn)在做不了生化鑒定 頭大 2013-08-17 20:19:13
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利用MEGA估算下J113和這幾種標(biāo)準(zhǔn)菌株的進(jìn)化距離，有可能進(jìn)化距離也相同。 從你的進(jìn)化樹上，我發(fā)現(xiàn)已經(jīng)可以確定J113是乳桿菌屬乳酸菌，只是亞種不同，16S的結(jié)果只能很準(zhǔn)確的反映屬的特異性，對(duì)少數(shù)種也很精確，我想你的情況用16S確定后面的不可行，你嘗試做其他實(shí)驗(yàn)來(lái)區(qū)分這幾個(gè)亞種吧，不如查資料做做生理生化區(qū)分實(shí)驗(yàn)，有條件最好做一下雜交看看 |
3樓2013-08-13 15:42:10
lilongping
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哈哈哈 4樓2013-08-15 11:06:42
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