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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » 其他 » namd模擬中重原子的固定
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[求助]
namd模擬中重原子的固定
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新人求助： 初學分子模擬，老師教namd，給的任務是跑完2YHC這個蛋白，可是這個蛋白晶體結構有殘缺，從102-115殘基都缺，老師又讓先學modeller補全，補好之后要用namd對補出的那段（102-115）進行優(yōu)化，分別有兩個配置文件NVT.conf 和NPT.conf，我截取了101-116進行優(yōu)化，先固定重原子（occupancy列重原子設置成1，氫原子設置0）， 依次跑了NVT和NPT，之后放開重原子（配置文件里的一個選項設置成off），又依次跑了NPT和NVT，四步過程中101和116的所有原子（包括氫原子）的occupancy列我都設置是1（我想的是這樣模擬完成之后101和116的坐標都沒變很好回拼），這樣在最后的一步NVT模擬后我將得到的dcd文件轉化成pdb文件希望能拼回去可是發(fā)現(xiàn)101和116殘基的坐標已經變了，老師說要經過平移旋轉等操作接回去，現(xiàn)在我技術還沒掌握，不過我卻對模擬操作有疑問。 模擬操作第三步和第四步中要放開重原子，然后要把conf文件中原子約束行設置成off，這樣我就糾結了，那我把101和116的所有原子都固定有什么意義呢，原子約束行設置成off后就不識別pdb文件中occupancy列的數(shù)字了吧，namd不會理解我想固定101和116的想法，這樣得到的最終結果中101和116的坐標肯定會變。然后老師說可以通過平移旋轉等接回去，我看了下101和116的坐標，他們和原坐標不具備簡單的統(tǒng)一平移關系，如果硬要把坐標變回去可能會破壞優(yōu)化的結果，這樣優(yōu)化就沒有意義了，所以我懷疑優(yōu)化過程中約束重原子部分的操作有問題，另一方面就是可能關于回拼的技術平移旋轉部分有深意我理解不夠，希望得到大家指點。 本人namd新手，老師給個方向自己摸索，理解不對之處多多，前段時間也發(fā)過類似的帖子這次是想印證下自己想法，說不清楚所以寫的略多。 本人新蟲，金幣不多，希望有想法的前輩不嫌棄給個回復。謝謝啦。 |
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2樓2013-09-09 11:15:03
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