版塊導(dǎo)航: 正在加載中...

登錄注冊

應(yīng)《網(wǎng)絡(luò)安全法》要求，自2017年10月1日起，未進(jìn)行實(shí)名認(rèn)證將不得使用互聯(lián)網(wǎng)跟帖服務(wù)。為保障您的帳號能夠正常使用，請盡快對帳號進(jìn)行手機(jī)號驗(yàn)證，感謝您的理解與支持！

24小時熱門版塊排行榜

北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

返回列表

41XY

鐵蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 95.4
帖子: 44
在線: 22小時
蟲號: 2431127
注冊: 2013-04-22
性別: GG
專業(yè): 生物信息學(xué)

[求助] namd模擬中重原子的固定

新人求助：
初學(xué)分子模擬，老師教namd，給的任務(wù)是跑完2YHC這個蛋白，可是這個蛋白晶體結(jié)構(gòu)有殘缺，從102-115殘基都缺，老師又讓先學(xué)modeller補(bǔ)全，補(bǔ)好之后要用namd對補(bǔ)出的那段（102-115）進(jìn)行優(yōu)化，分別有兩個配置文件NVT.conf 和NPT.conf，我截取了101-116進(jìn)行優(yōu)化，先固定重原子（occupancy列重原子設(shè)置成1，氫原子設(shè)置0），依次跑了NVT和NPT，之后放開重原子（配置文件里的一個選項(xiàng)設(shè)置成off），又依次跑了NPT和NVT，四步過程中101和116的所有原子（包括氫原子）的occupancy列我都設(shè)置是1（我想的是這樣模擬完成之后101和116的坐標(biāo)都沒變很好回拼），這樣在最后的一步NVT模擬后我將得到的dcd文件轉(zhuǎn)化成pdb文件希望能拼回去可是發(fā)現(xiàn)101和116殘基的坐標(biāo)已經(jīng)變了，老師說要經(jīng)過平移旋轉(zhuǎn)等操作接回去，現(xiàn)在我技術(shù)還沒掌握，不過我卻對模擬操作有疑問。
模擬操作第三步和第四步中要放開重原子，然后要把conf文件中原子約束行設(shè)置成off，這樣我就糾結(jié)了，那我把101和116的所有原子都固定有什么意義呢，原子約束行設(shè)置成off后就不識別pdb文件中occupancy列的數(shù)字了吧，namd不會理解我想固定101和116的想法，這樣得到的最終結(jié)果中101和116的坐標(biāo)肯定會變。然后老師說可以通過平移旋轉(zhuǎn)等接回去，我看了下101和116的坐標(biāo)，他們和原坐標(biāo)不具備簡單的統(tǒng)一平移關(guān)系，如果硬要把坐標(biāo)變回去可能會破壞優(yōu)化的結(jié)果，這樣優(yōu)化就沒有意義了，所以我懷疑優(yōu)化過程中約束重原子部分的操作有問題，另一方面就是可能關(guān)于回拼的技術(shù)平移旋轉(zhuǎn)部分有深意我理解不夠，希望得到大家指點(diǎn)。
本人namd新手，老師給個方向自己摸索，理解不對之處多多，前段時間也發(fā)過類似的帖子這次是想印證下自己想法，說不清楚所以寫的略多。
本人新蟲，金幣不多，希望有想法的前輩不嫌棄給個回復(fù)。謝謝啦。

回復(fù)此樓

» 猜你喜歡

286求調(diào)劑已經(jīng)有9人回復(fù)
一志愿南昌大學(xué)324求調(diào)劑已經(jīng)有6人回復(fù)
0703化學(xué)/290求調(diào)劑/本科經(jīng)歷豐富/工科也可已經(jīng)有10人回復(fù)
291求調(diào)劑已經(jīng)有5人回復(fù)
308求調(diào)劑已經(jīng)有7人回復(fù)
085404求調(diào)劑，總分309，本科經(jīng)歷較為豐富已經(jīng)有4人回復(fù)
壓國家一區(qū)線，求導(dǎo)師收留，有恩必謝！已經(jīng)有3人回復(fù)
一志愿中南大學(xué)化學(xué)0703總分337求調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)
083000學(xué)碩274求調(diào)劑已經(jīng)有6人回復(fù)
304求調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)

» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)

» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:

NAMD模擬對硬件的要求已經(jīng)有17人回復(fù)
Namd， Gromacs 可以計算分子中電荷分布隨時間的變化嗎？已經(jīng)有4人回復(fù)
namd能量最小化完成后給我的十幾個文件怎么沒有pdb格式的呀已經(jīng)有6人回復(fù)
lammps中原子固定已經(jīng)有4人回復(fù)
NAMD模擬過程的原子坐標(biāo) 已經(jīng)有3人回復(fù)
NAMD安裝中的nanotubes.conf文件如何編寫已經(jīng)有3人回復(fù)
namd 蛋白質(zhì)溢出水盒子，并且跑的盒子的另一邊已經(jīng)有10人回復(fù)
關(guān)于NAMD mpi并行問題已經(jīng)有4人回復(fù)
如何用高斯固定部分原子進(jìn)行優(yōu)化已經(jīng)有4人回復(fù)
【求助】在NAMD運(yùn)行中使用CHARMM格式的力場文件，但力場參數(shù)來自AMBER力場，會出問題?/a> 已經(jīng)有4人回復(fù)

【求助】NAMD中的segment是什么意思？已經(jīng)有3人回復(fù)
【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多嗎？如何選擇？已經(jīng)有7人回復(fù)
【專家會診】bay 討論namd,gmx處理水溶液,蛋白等MD 模擬;討論水及水通道已經(jīng)有50人回復(fù)
【求助】有沒有用DS軟件做細(xì)胞膜的模擬的？已經(jīng)有7人回復(fù)
【求助】Linux 下NAMD的單機(jī)版怎么安裝？已經(jīng)有6人回復(fù)
【求助】namd tutorial遇到問題已經(jīng)有10人回復(fù)
【求助】NAMD安裝問題已經(jīng)有19人回復(fù)
【分享】【資源】計算模擬區(qū)區(qū)刊第一期正式發(fā)布已經(jīng)有6人回復(fù)
計算模擬區(qū)區(qū)刊RCS第一期正式發(fā)布已經(jīng)有119人回復(fù)
【在線答疑】關(guān)于NAMD/VMD 已經(jīng)有210人回復(fù)

1樓 2013-09-08 10:16:36

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

fhh2626

木蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 135 (高中生)
金幣: 2354.1
紅花: 7
帖子: 344
在線: 139小時
蟲號: 1475956
注冊: 2011-11-04
性別: GG
專業(yè): 理論和計算化學(xué)

【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
41XY: 金幣+10, ★有幫助, 謝謝 2013-09-10 12:41:42

一般先固定重原子是把水跑平衡，讓體系整體能量降低，然后在放開讓體系自由運(yùn)動

贊一下

回復(fù)此樓

2樓2013-09-09 11:15:03