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cg陳鐵桿木蟲 (著名寫手)
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[求助]
關(guān)于MS動力學(xué)精度設(shè)置問題
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跑一個動力學(xué)任務(wù)，離不開對非鍵作用的設(shè)置，對于vdw作用可以使用cutoff，設(shè)置小于盒子尺寸的一半，對于靜電作用，用的比較多的是Ewald。 問題就是這個Ewald精度到底該如何選擇？ 拋磚引玉：假設(shè)有一個含有200個分子的體系，盒子尺寸大概是30X30X20，cutoff選擇9.5，Ewald精度該選擇多少呢？MS此時默認(rèn)為0.01。 MS默認(rèn)精度是5000，體系溫度是298K，是不是通過約化能量公式，設(shè)置Ewald精度使得體系平衡時能量隨時間比在5%內(nèi)，也就是0.0001？ 向大家請教，該如何理清呢？ |
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c25968
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3樓2013-10-14 08:33:05
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