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cg陳鐵桿木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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[求助]
關(guān)于MS動(dòng)力學(xué)精度設(shè)置問(wèn)題
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跑一個(gè)動(dòng)力學(xué)任務(wù)，離不開(kāi)對(duì)非鍵作用的設(shè)置，對(duì)于vdw作用可以使用cutoff，設(shè)置小于盒子尺寸的一半，對(duì)于靜電作用，用的比較多的是Ewald。 問(wèn)題就是這個(gè)Ewald精度到底該如何選擇？ 拋磚引玉：假設(shè)有一個(gè)含有200個(gè)分子的體系，盒子尺寸大概是30X30X20，cutoff選擇9.5，Ewald精度該選擇多少呢？MS此時(shí)默認(rèn)為0.01。 MS默認(rèn)精度是5000，體系溫度是298K，是不是通過(guò)約化能量公式，設(shè)置Ewald精度使得體系平衡時(shí)能量隨時(shí)間比在5%內(nèi)，也就是0.0001？ 向大家請(qǐng)教，該如何理清呢？ |
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cg陳
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4樓2013-10-14 09:26:39
cg陳
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