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沙門(mén)小rna金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[交流]
生工測(cè)序重疊峰交流
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我在做表達(dá)載體（表達(dá)一段小rna全長(zhǎng)138bp），構(gòu)建后的載體熱擊入top10，單菌落挑出來(lái)（但是菌落太密集，可能會(huì)不小心把兩個(gè)菌落增到一個(gè)區(qū)域。）。 經(jīng)過(guò)篩菌，提質(zhì)粒雙酶切和pcr驗(yàn)證條帶成功。然后送測(cè)序，結(jié)果生工返回的結(jié)果： 原文：“7號(hào)，19號(hào) （使用引物 PBV220R） 測(cè)序后發(fā)現(xiàn)有重疊現(xiàn)象”，然后給了我用PBAD-F_J引物測(cè)序的結(jié)果。上blast之后結(jié)果是一個(gè)載體序列。 百思不得其解。 1：如果是重疊峰。怎么還給了一個(gè)結(jié)果。 2：如果我酶切驗(yàn)證的條帶都出來(lái)了。怎么測(cè)序還會(huì)是空的呢。 目前自我分析結(jié)果：1可能長(zhǎng)出來(lái)的單菌落比較密集。篩菌時(shí)候混雜了帶有空載體的菌。2但是這樣的話。為什么還給了結(jié)果呢？3生工靠譜嗎？怎么解決呢。是不是我吧增的菌再畫(huà)個(gè)4區(qū)然后再增下驗(yàn)證再測(cè)序呢？ 求有測(cè)序經(jīng)驗(yàn)的朋友幫忙分析解釋下吧!謝謝 測(cè)序7號(hào)19號(hào).png [ Last edited by 沙門(mén)小rna on 2013-10-14 at 17:35 ] |
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2013-10-14 17:23:37, 343.15 K
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沙門(mén)小rna
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4樓2013-10-15 10:29:25
lyz65956
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小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
kx444555: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2013-10-15 13:57:30
沙門(mén)小rna: 金幣+2, 我會(huì)告訴你我的序列太短了我直接blast顯示的是載體嗎？其實(shí)人家測(cè)序早就給我結(jié)果了。我tm真笨。只要直接把我的小rna序列和結(jié)果比對(duì)就好了。今天跟老板討論被罵了~ 2013-10-16 02:09:21
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
kx444555: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2013-10-15 13:57:30
沙門(mén)小rna: 金幣+2, 我會(huì)告訴你我的序列太短了我直接blast顯示的是載體嗎？其實(shí)人家測(cè)序早就給我結(jié)果了。我tm真笨。只要直接把我的小rna序列和結(jié)果比對(duì)就好了。今天跟老板討論被罵了~ 2013-10-16 02:09:21
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在生工測(cè)序，最近的結(jié)果一會(huì)告訴我是雙峰，一會(huì)說(shuō)沒(méi)信號(hào)，一會(huì)又測(cè)出來(lái)了，但是圖譜不好。 其他的都正常，讓我也百思不得其解。 后來(lái)辦法是，把測(cè)序不正常的重新劃錢(qián)分離，挑選單克隆，再送測(cè)序 |
5樓2013-10-15 12:32:22
taccycle
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小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
沙門(mén)小rna: 金幣+1 2013-10-17 02:14:43
沙門(mén)小rna: 金幣+1, 已經(jīng)測(cè)序好了。我sb了。序列結(jié)果blast出來(lái)發(fā)現(xiàn)是質(zhì)粒的匹配。因?yàn)槲业男蛄?38bp，被淹沒(méi)在茫茫數(shù)據(jù)庫(kù)中了。1000多的測(cè)序結(jié)果中那一點(diǎn)點(diǎn)的匹配被比了下去。 2013-10-17 17:09:33
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
沙門(mén)小rna: 金幣+1 2013-10-17 02:14:43
沙門(mén)小rna: 金幣+1, 已經(jīng)測(cè)序好了。我sb了。序列結(jié)果blast出來(lái)發(fā)現(xiàn)是質(zhì)粒的匹配。因?yàn)槲业男蛄?38bp，被淹沒(méi)在茫茫數(shù)據(jù)庫(kù)中了。1000多的測(cè)序結(jié)果中那一點(diǎn)點(diǎn)的匹配被比了下去。 2013-10-17 17:09:33
| 你可以自己做PCR擴(kuò)增包含出入片段的區(qū)域，然后電泳，如果獲得了目的片段，就把目的片段給生工測(cè)序，如果PCR都有問(wèn)題的話那就有問(wèn)題了 |
6樓2013-10-16 17:07:38
xfyangsibs
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7樓2013-10-17 12:27:18
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小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
gyesang: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流！ 2013-11-28 17:01:00
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
gyesang: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流！ 2013-11-28 17:01:00
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你好 你的峰圖我剛剛看了下 第一個(gè)峰圖ZB10122846(7hao)PBAD-F_J_A12還是很好的 第二個(gè)峰圖200多bp后開(kāi)始出現(xiàn)重疊峰 個(gè)人建議： 1、按照Z(yǔ)B10122846(7hao)PBAD-F_J_A12這個(gè)測(cè)序方向繼續(xù)測(cè)通； 2、換個(gè)公司測(cè)測(cè)吧，最近生工測(cè)的不好； 祝你早點(diǎn)解決問(wèn)題！ |
8樓2013-11-28 15:13:00
沙門(mén)小rna
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9樓2013-11-28 15:24:08
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2013-10-14 22:14
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2013-10-15 10:28
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