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fxpy631

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[求助] 關(guān)于pdb庫(kù)使用問(wèn)題

有的文獻(xiàn)中首先合成純化一種蛋白質(zhì)，并用NMR確定了其結(jié)構(gòu)，接著MD模擬，得到能量最低的構(gòu)象，為什么PDB庫(kù)中沒(méi)有其結(jié)構(gòu)呢

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1樓 2013-10-17 17:20:56

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fangsteel

木蟲 (正式寫手)

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3樓: Originally posted by fxpy631 at 2013-10-17 18:52:29
對(duì)，文獻(xiàn)上用的是gromacs...

你可以這樣來(lái)，先把初始構(gòu)象用一個(gè)小的能量最小化先跑一下，然后可以生成一個(gè)能量?jī)?yōu)化過(guò)的gro文件，也就是你需要的pdb文件，等下我給你一個(gè)優(yōu)化用的mdp文件代碼，你把里面的參數(shù)改一下對(duì)應(yīng)你的參數(shù)就行。你試一下行不行。
;
; User spoel (236)
; Wed Nov  3 17:12:44 1993
; Input file
;
cpp                =  /usr/bin/cpp
;define             =  -DFLEX_SPC
constraints       =  none
integrator       =  steep
nsteps             =  30000
;
; Energy minimizing stuff
;
emtol             =  10
emstep             =  0.01

nstcomm          =  1
ns_type          =  grid
rlist             =  1.2
rcoulomb          =  1.2
rvdw             =  1.2
Tcoupl             =  no
Pcoupl             =  no
gen_vel          =  no

nstxout          =  1000
nstvout          =  1000
nstfout          =  1000
nstxtcout          =  1000
nstlog             =  1000
nstenergy          =  1000

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fxpy631

gromacs

4樓2013-10-17 21:28:12

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引用回帖:

2樓: Originally posted by fangsteel at 2013-10-17 17:34:31
用的是gromacs？

對(duì)，文獻(xiàn)上用的是gromacs

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3樓2013-10-17 18:52:29

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引用回帖:

4樓: Originally posted by fangsteel at 2013-10-17 21:28:12
你可以這樣來(lái)，先把初始構(gòu)象用一個(gè)小的能量最小化先跑一下，然后可以生成一個(gè)能量?jī)?yōu)化過(guò)的gro文件，也就是你需要的pdb文件，等下我給你一個(gè)優(yōu)化用的mdp文件代碼，你把里面的參數(shù)改一下對(duì)應(yīng)你的參數(shù)就行。你試一下行 ...

這個(gè)初始構(gòu)象文件去哪找到呢，這是別人的文獻(xiàn)，上面會(huì)有該文件嗎？

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5樓2013-10-18 11:01:59

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【答案】應(yīng)助回帖

引用回帖:

5樓: Originally posted by fxpy631 at 2013-10-18 11:01:59
這個(gè)初始構(gòu)象文件去哪找到呢，這是別人的文獻(xiàn)，上面會(huì)有該文件嗎？...

文獻(xiàn)中不會(huì)給出那么具體的東西的，你要是想嘗試這個(gè)，你可能得自己試著去做一下，用MS或者高斯來(lái)做可能。

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gromacs

6樓2013-10-18 15:32:36

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