fxpy631

銅蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 134.5
散金: 10
帖子: 69
在線: 29.4小時(shí)
蟲號: 1280651
注冊: 2011-04-28
性別: GG
專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能

[求助] 關(guān)于pdb庫使用問題

有的文獻(xiàn)中首先合成純化一種蛋白質(zhì)，并用NMR確定了其結(jié)構(gòu)，接著MD模擬，得到能量最低的構(gòu)象，為什么PDB庫中沒有其結(jié)構(gòu)呢

回復(fù)此樓

» 猜你喜歡

277調(diào)劑已經(jīng)有6人回復(fù)
341求調(diào)劑已經(jīng)有7人回復(fù)
328求調(diào)劑，英語六級551，有科研經(jīng)歷已經(jīng)有8人回復(fù)
293求調(diào)劑已經(jīng)有12人回復(fù)
070300化學(xué)319求調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)
268求調(diào)劑已經(jīng)有9人回復(fù)
301求調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)
0703化學(xué)336分求調(diào)劑已經(jīng)有5人回復(fù)
301求調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)
材料專碩306英一數(shù)二已經(jīng)有9人回復(fù)

» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對您同樣有幫助:

想問一下在pdb數(shù)據(jù)庫中2JTK代表什么含義？已經(jīng)有6人回復(fù)
請問如何獲取小分子的pdb文件已經(jīng)有13人回復(fù)
PDB蛋白數(shù)據(jù)庫中的蛋白全嗎？已經(jīng)有5人回復(fù)
請教關(guān)于NIST圖庫的版本問題已經(jīng)有15人回復(fù)
藥物查詢中數(shù)據(jù)庫使用的問題已經(jīng)有4人回復(fù)
關(guān)于蛋白質(zhì)的應(yīng)用問題已經(jīng)有3人回復(fù)
誰有PDB或IMS數(shù)據(jù)庫幫我搜下甘磷酸膽堿的相關(guān)信息？已經(jīng)有17人回復(fù)
endnote數(shù)據(jù)庫問題，請大家?guī)兔?/a> 已經(jīng)有5人回復(fù)

關(guān)于wiley數(shù)據(jù)庫下載文章的問題已經(jīng)有5人回復(fù)
如何從PDB數(shù)據(jù)庫中選擇合適的靶標(biāo) 已經(jīng)有13人回復(fù)
gromacs，用pdb文件生成top文件時(shí)遇到的問題已經(jīng)有4人回復(fù)
有關(guān)PDB數(shù)據(jù)庫的使用問題已經(jīng)有11人回復(fù)
海量數(shù)據(jù)庫高效搜索算法在分子模擬編程中的應(yīng)用? 已經(jīng)有3人回復(fù)
克隆文庫相關(guān)問題已經(jīng)有4人回復(fù)
詢問在PDB數(shù)據(jù)庫查找蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) 已經(jīng)有14人回復(fù)
PDB數(shù)據(jù)庫怎么樣？？急�。。。�！已經(jīng)有7人回復(fù)
關(guān)于噬菌體隨機(jī)肽庫的一些問題，急求~ 已經(jīng)有13人回復(fù)
【轉(zhuǎn)帖】用Amber+Gaussian做小分子力場已經(jīng)有16人回復(fù)
【轉(zhuǎn)帖】藥品查詢網(wǎng)的數(shù)據(jù)庫已經(jīng)有77人回復(fù)
【求助】請教一下怎么把在PDB數(shù)據(jù)庫上面下載的CIF格式的晶體結(jié)構(gòu)導(dǎo)入MS中已經(jīng)有9人回復(fù)
【求助】一個(gè)關(guān)于Protel原理圖所用元件的問題已經(jīng)有6人回復(fù)

1樓 2013-10-17 17:20:56

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

fangsteel

木蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 96 (初中生)
金幣: 1213.6
散金: 32
紅花: 22
帖子: 456
在線: 192.1小時(shí)
蟲號: 2248690
注冊: 2013-01-18
性別: GG
專業(yè): 原子和分子物理

【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

用的是gromacs？

贊一下

回復(fù)此樓

gromacs

2樓2013-10-17 17:34:31

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

fxpy631

銅蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 134.5
散金: 10
帖子: 69
在線: 29.4小時(shí)
蟲號: 1280651
注冊: 2011-04-28
性別: GG
專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能

引用回帖:

2樓: Originally posted by fangsteel at 2013-10-17 17:34:31
用的是gromacs？

對，文獻(xiàn)上用的是gromacs

贊一下

回復(fù)此樓

3樓2013-10-17 18:52:29

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

fangsteel

木蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 96 (初中生)
金幣: 1213.6
散金: 32
紅花: 22
帖子: 456
在線: 192.1小時(shí)
蟲號: 2248690
注冊: 2013-01-18
性別: GG
專業(yè): 原子和分子物理

引用回帖:

3樓: Originally posted by fxpy631 at 2013-10-17 18:52:29
對，文獻(xiàn)上用的是gromacs...

你可以這樣來，先把初始構(gòu)象用一個(gè)小的能量最小化先跑一下，然后可以生成一個(gè)能量優(yōu)化過的gro文件，也就是你需要的pdb文件，等下我給你一個(gè)優(yōu)化用的mdp文件代碼，你把里面的參數(shù)改一下對應(yīng)你的參數(shù)就行。你試一下行不行。
;
; User spoel (236)
; Wed Nov  3 17:12:44 1993
; Input file
;
cpp                =  /usr/bin/cpp
;define             =  -DFLEX_SPC
constraints       =  none
integrator       =  steep
nsteps             =  30000
;
; Energy minimizing stuff
;
emtol             =  10
emstep             =  0.01

nstcomm          =  1
ns_type          =  grid
rlist             =  1.2
rcoulomb          =  1.2
rvdw             =  1.2
Tcoupl             =  no
Pcoupl             =  no
gen_vel          =  no

nstxout          =  1000
nstvout          =  1000
nstfout          =  1000
nstxtcout          =  1000
nstlog             =  1000
nstenergy          =  1000

贊一下

回復(fù)此樓

» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）

fxpy631

gromacs

4樓2013-10-17 21:28:12

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

fxpy631

銅蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 134.5
散金: 10
帖子: 69
在線: 29.4小時(shí)
蟲號: 1280651
注冊: 2011-04-28
性別: GG
專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能

送紅花一朵

引用回帖:

4樓: Originally posted by fangsteel at 2013-10-17 21:28:12
你可以這樣來，先把初始構(gòu)象用一個(gè)小的能量最小化先跑一下，然后可以生成一個(gè)能量優(yōu)化過的gro文件，也就是你需要的pdb文件，等下我給你一個(gè)優(yōu)化用的mdp文件代碼，你把里面的參數(shù)改一下對應(yīng)你的參數(shù)就行。你試一下行 ...

這個(gè)初始構(gòu)象文件去哪找到呢，這是別人的文獻(xiàn)，上面會有該文件嗎？

贊一下

回復(fù)此樓

5樓2013-10-18 11:01:59

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

fangsteel

木蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 96 (初中生)
金幣: 1213.6
散金: 32
紅花: 22
帖子: 456
在線: 192.1小時(shí)
蟲號: 2248690
注冊: 2013-01-18
性別: GG
專業(yè): 原子和分子物理

【答案】應(yīng)助回帖

引用回帖:

5樓: Originally posted by fxpy631 at 2013-10-18 11:01:59
這個(gè)初始構(gòu)象文件去哪找到呢，這是別人的文獻(xiàn)，上面會有該文件嗎？...

文獻(xiàn)中不會給出那么具體的東西的，你要是想嘗試這個(gè)，你可能得自己試著去做一下，用MS或者高斯來做可能。

贊一下

回復(fù)此樓

gromacs

6樓2013-10-18 15:32:36

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

fxpy631

銅蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 134.5
散金: 10
帖子: 69
在線: 29.4小時(shí)
蟲號: 1280651
注冊: 2011-04-28
性別: GG
專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能

我想用一下它的結(jié)構(gòu)，作者沒有發(fā)到pdb庫里，是因?yàn)樗慕Y(jié)構(gòu)不好沒通過審核嗎？有這個(gè)可能嗎？

贊一下

回復(fù)此樓

7樓2013-10-18 18:28:49

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

yaozhq

金蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 126 (高中生)
金幣: 1137.8
紅花: 7
帖子: 260
在線: 37.6小時(shí)
蟲號: 1475454
注冊: 2011-11-04
性別: GG
專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能

【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

引用回帖:

7樓: Originally posted by fxpy631 at 2013-10-18 18:28:49
我想用一下它的結(jié)構(gòu)，作者沒有發(fā)到pdb庫里，是因?yàn)樗慕Y(jié)構(gòu)不好沒通過審核嗎？有這個(gè)可能嗎？

你看他文章里面有說提交pdb了么有的話應(yīng)該有一個(gè)編號的
也有可能是沒有提交或者暫時(shí)沒被pdb收錄你可以去聯(lián)系作者要一下嘛

贊一下

回復(fù)此樓

8樓2013-10-19 14:01:43

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

2549706692

新蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 27
帖子: 4
在線: 1.5小時(shí)
蟲號: 2837032
注冊: 2013-11-29
專業(yè): 化學(xué)生物學(xué)與生物有機(jī)化學(xué)

蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫Protein Data Bank(PDB)是一個(gè)蛋白質(zhì)、核酸等生物大分子的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫，由Worldwide Protein Data Bank監(jiān)管。PDB可以經(jīng)由網(wǎng)絡(luò)免費(fèi)訪問，是結(jié)構(gòu)生物學(xué)研究中的重要資源。為了確保PDB資料的完備與權(quán)威，各個(gè)主要的科學(xué)雜志、基金組織會要求科學(xué)家將自己的研究成果提交給PDB。在PDB的基礎(chǔ)上，還發(fā)展出來若干依據(jù)不同原則對PDB結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)進(jìn)行分類的數(shù)據(jù)庫，例如GO將PDB中的數(shù)據(jù)按基因進(jìn)行了分類。

贊一下

回復(fù)此樓

9樓2015-03-18 19:26:06

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

最具人氣熱帖推薦 [查看全部]	作者	回/看	最后發(fā)表

[考研] 332求調(diào)劑 +6	Zz版 2026-03-13	6/300	2026-03-17 17:03 by ruiyingmiao
[考研] 機(jī)械專碩325，尋找調(diào)劑院校 +3	y9999 2026-03-15	5/250	2026-03-16 19:58 by y9999
[文學(xué)芳草園] 伙伴們，祝我生日快樂吧 +17	myrtle 2026-03-10	26/1300	2026-03-16 18:32 by 青橙Ln
[考研] 304求調(diào)劑 +3	曼殊2266 2026-03-14	3/150	2026-03-16 16:39 by houyaoxu
[考研] 321求調(diào)劑 +5	大米飯！ 2026-03-15	5/250	2026-03-16 16:33 by houyaoxu
[考研] 中科院材料273求調(diào)劑 +4	yzydy 2026-03-15	4/200	2026-03-16 15:59 by Gaodh_82
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑，求各位老師收留 +8	秋有木北 2026-03-14	8/400	2026-03-16 15:21 by 哦哦123
[考研] 一志愿華中師范071000，325求調(diào)劑 +6	RuitingC 2026-03-12	6/300	2026-03-16 14:50 by 可淡不可忘
[基金申請] NSFC申報(bào)書里申請人簡歷中代表性論著還需要在申報(bào)書最后的附件里面再上傳一遍嗎 20+5	NSFC2026我來了 2026-03-10	14/700	2026-03-15 23:53 by 不負(fù)韶華的虎
[考研] 297一志愿上交085600求調(diào)劑 +5	指尖八千里 2026-03-14	5/250	2026-03-14 17:26 by a不易
[基金申請] 現(xiàn)在如何回避去年的某一個(gè)專家，不知道名字 +3	zk200107 2026-03-12	6/300	2026-03-14 17:13 by zk200107
[考研] 255求調(diào)劑 +3	李嘉慧， 2026-03-12	4/200	2026-03-14 16:58 by 有只貍奴
[考研] 285 求調(diào)劑資源與環(huán)境一志愿北京化工大學(xué) +3	未名考生 2026-03-10	3/150	2026-03-13 23:04 by JourneyLucky
[考研] 材料工程調(diào)劑 +9	咪咪空空 2026-03-12	9/450	2026-03-13 22:05 by 星空星月
[考研] 0703化學(xué)一志愿211 總分320求調(diào)劑 +5	瑪卡巴卡啊哈 2026-03-11	5/250	2026-03-13 21:40 by JourneyLucky
[考研] 工科調(diào)劑 +4	Jiang191123！ 2026-03-11	4/200	2026-03-13 15:15 by Miko19
[考研] 土木第一志愿276求調(diào)劑，科研和技能十分豐富，求新興方向的導(dǎo)師收留 +3	土木小天才 2026-03-12	3/150	2026-03-13 15:01 by JourneyLucky
[考研] 一志愿山大07化學(xué) 332分四六級已過本科山東雙非求調(diào)劑！ +3	不想理你 2026-03-12	3/150	2026-03-13 14:18 by JourneyLucky
[考研] 270求調(diào)劑 085600材料與化工專碩 +3	YXCT 2026-03-11	3/150	2026-03-13 10:13 by houyaoxu
[考研] 大連大學(xué)化學(xué)專業(yè)研究生調(diào)劑 +3	琪久. 2026-03-10	8/400	2026-03-11 10:02 by 琪久.