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[求助] 關(guān)于pdb庫(kù)使用問(wèn)題

有的文獻(xiàn)中首先合成純化一種蛋白質(zhì)，并用NMR確定了其結(jié)構(gòu)，接著MD模擬，得到能量最低的構(gòu)象，為什么PDB庫(kù)中沒(méi)有其結(jié)構(gòu)呢

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1樓 2013-10-17 17:20:56

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2樓2013-10-17 17:34:31

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引用回帖:

2樓: Originally posted by fangsteel at 2013-10-17 17:34:31
用的是gromacs？

對(duì)，文獻(xiàn)上用的是gromacs

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3樓2013-10-17 18:52:29

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3樓: Originally posted by fxpy631 at 2013-10-17 18:52:29
對(duì)，文獻(xiàn)上用的是gromacs...

你可以這樣來(lái)，先把初始構(gòu)象用一個(gè)小的能量最小化先跑一下，然后可以生成一個(gè)能量?jī)?yōu)化過(guò)的gro文件，也就是你需要的pdb文件，等下我給你一個(gè)優(yōu)化用的mdp文件代碼，你把里面的參數(shù)改一下對(duì)應(yīng)你的參數(shù)就行。你試一下行不行。
;
; User spoel (236)
; Wed Nov  3 17:12:44 1993
; Input file
;
cpp                =  /usr/bin/cpp
;define             =  -DFLEX_SPC
constraints       =  none
integrator       =  steep
nsteps             =  30000
;
; Energy minimizing stuff
;
emtol             =  10
emstep             =  0.01

nstcomm          =  1
ns_type          =  grid
rlist             =  1.2
rcoulomb          =  1.2
rvdw             =  1.2
Tcoupl             =  no
Pcoupl             =  no
gen_vel          =  no

nstxout          =  1000
nstvout          =  1000
nstfout          =  1000
nstxtcout          =  1000
nstlog             =  1000
nstenergy          =  1000

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gromacs

4樓2013-10-17 21:28:12

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4樓: Originally posted by fangsteel at 2013-10-17 21:28:12
你可以這樣來(lái)，先把初始構(gòu)象用一個(gè)小的能量最小化先跑一下，然后可以生成一個(gè)能量?jī)?yōu)化過(guò)的gro文件，也就是你需要的pdb文件，等下我給你一個(gè)優(yōu)化用的mdp文件代碼，你把里面的參數(shù)改一下對(duì)應(yīng)你的參數(shù)就行。你試一下行 ...

這個(gè)初始構(gòu)象文件去哪找到呢，這是別人的文獻(xiàn)，上面會(huì)有該文件嗎？

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5樓2013-10-18 11:01:59

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5樓: Originally posted by fxpy631 at 2013-10-18 11:01:59
這個(gè)初始構(gòu)象文件去哪找到呢，這是別人的文獻(xiàn)，上面會(huì)有該文件嗎？...

文獻(xiàn)中不會(huì)給出那么具體的東西的，你要是想嘗試這個(gè)，你可能得自己試著去做一下，用MS或者高斯來(lái)做可能。

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6樓2013-10-18 15:32:36

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我想用一下它的結(jié)構(gòu)，作者沒(méi)有發(fā)到pdb庫(kù)里，是因?yàn)樗慕Y(jié)構(gòu)不好沒(méi)通過(guò)審核嗎？有這個(gè)可能嗎？

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7樓2013-10-18 18:28:49

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7樓: Originally posted by fxpy631 at 2013-10-18 18:28:49
我想用一下它的結(jié)構(gòu)，作者沒(méi)有發(fā)到pdb庫(kù)里，是因?yàn)樗慕Y(jié)構(gòu)不好沒(méi)通過(guò)審核嗎？有這個(gè)可能嗎？

你看他文章里面有說(shuō)提交pdb了么有的話應(yīng)該有一個(gè)編號(hào)的
也有可能是沒(méi)有提交或者暫時(shí)沒(méi)被pdb收錄你可以去聯(lián)系作者要一下嘛

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8樓2013-10-19 14:01:43

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蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)Protein Data Bank(PDB)是一個(gè)蛋白質(zhì)、核酸等生物大分子的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫(kù)，由Worldwide Protein Data Bank監(jiān)管。PDB可以經(jīng)由網(wǎng)絡(luò)免費(fèi)訪問(wèn)，是結(jié)構(gòu)生物學(xué)研究中的重要資源。為了確保PDB資料的完備與權(quán)威，各個(gè)主要的科學(xué)雜志、基金組織會(huì)要求科學(xué)家將自己的研究成果提交給PDB。在PDB的基礎(chǔ)上，還發(fā)展出來(lái)若干依據(jù)不同原則對(duì)PDB結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)進(jìn)行分類的數(shù)據(jù)庫(kù)，例如GO將PDB中的數(shù)據(jù)按基因進(jìn)行了分類。

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9樓2015-03-18 19:26:06

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