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fxpy631銅蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
關(guān)于pdb庫(kù)使用問(wèn)題
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| 有的文獻(xiàn)中首先合成純化一種蛋白質(zhì)，并用NMR確定了其結(jié)構(gòu)，接著MD模擬，得到能量最低的構(gòu)象，為什么PDB庫(kù)中沒(méi)有其結(jié)構(gòu)呢 |
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新蟲(chóng) (初入文壇)
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| 蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)Protein Data Bank(PDB)是一個(gè)蛋白質(zhì)、核酸等生物大分子的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫(kù)，由Worldwide Protein Data Bank監(jiān)管。PDB可以經(jīng)由網(wǎng)絡(luò)免費(fèi)訪(fǎng)問(wèn)，是結(jié)構(gòu)生物學(xué)研究中的重要資源。為了確保PDB資料的完備與權(quán)威，各個(gè)主要的科學(xué)雜志、基金組織會(huì)要求科學(xué)家將自己的研究成果提交給PDB。在PDB的基礎(chǔ)上，還發(fā)展出來(lái)若干依據(jù)不同原則對(duì)PDB結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)進(jìn)行分類(lèi)的數(shù)據(jù)庫(kù)，例如GO將PDB中的數(shù)據(jù)按基因進(jìn)行了分類(lèi)。 |
9樓2015-03-18 19:26:06
fxpy631
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3樓2013-10-17 18:52:29
fangsteel
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你可以這樣來(lái)，先把初始構(gòu)象用一個(gè)小的能量最小化先跑一下，然后可以生成一個(gè)能量?jī)?yōu)化過(guò)的gro文件，也就是你需要的pdb文件，等下我給你一個(gè)優(yōu)化用的mdp文件代碼，你把里面的參數(shù)改一下對(duì)應(yīng)你的參數(shù)就行。你試一下行不行。 ; ; User spoel (236) ; Wed Nov 3 17:12:44 1993 ; Input file ; cpp = /usr/bin/cpp ;define = -DFLEX_SPC constraints = none integrator = steep nsteps = 30000 ; ; Energy minimizing stuff ; emtol = 10 emstep = 0.01 nstcomm = 1 ns_type = grid rlist = 1.2 rcoulomb = 1.2 rvdw = 1.2 Tcoupl = no Pcoupl = no gen_vel = no nstxout = 1000 nstvout = 1000 nstfout = 1000 nstxtcout = 1000 nstlog = 1000 nstenergy = 1000 |
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fxpy631
4樓2013-10-17 21:28:12
fxpy631
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5樓2013-10-18 11:01:59
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