 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 7 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2867 | 回復: 6 | |||
亍寞金蟲 (小有名氣)
|
[求助]
AMBER官網教程分析氫鍵腳本問題
|
|
http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial3/section6.htm 在這個section里面的6.1.3.有一個分析氫鍵的腳本，里面有這么一句 acceptor mask :2-11,13-16,20@N :2-20@H 2-11,13-16,20@N看上文說是拋去backbone的PRO殘基，這個可以理解，然后后面的那個:2-20@H，是什么？上文說是跟terminal相關的什么好像，但是沒有看懂，放到自己的體系中的時候應當按照什么來改寫呢？ 謝謝 |
回復此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 amber |
» 猜你喜歡
0856求調劑
已經有13人回復
-
0703化學
已經有11人回復
-
329求調劑
已經有7人回復
-
321求調劑
已經有8人回復
-
0856材料化工調劑 總分330
已經有12人回復
-
309求調劑
已經有3人回復
-
070300化學354求調劑
已經有4人回復
-
330分求調劑
已經有3人回復
-
299求調劑
已經有8人回復
-
一志愿北京理工大學本科211材料工程294求調劑
已經有6人回復
» 本主題相關價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 【討論】關于不同z值處的水能形成氫鍵數的腳本討論
已經有4人回復
Sean2010
捐助貴賓 (著名寫手)
- 應助: 17 (小學生)
- 金幣: 12570.5
- 散金: 28
- 紅花: 31
- 帖子: 1714
- 在線: 387.1小時
- 蟲號: 1178321
- 注冊: 2010-12-27
- 性別: GG
- 專業(yè): 細胞死亡
【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應助指數 +1
月只藍: 金幣+2, 感謝指導！ 2013-12-07 09:24:25
亍寞: 金幣+10 2013-12-08 08:02:48
亍寞: 金幣+15 2013-12-09 20:12:34
感謝參與，應助指數 +1
月只藍: 金幣+2, 感謝指導！ 2013-12-07 09:24:25
亍寞: 金幣+10 2013-12-08 08:02:48
亍寞: 金幣+15 2013-12-09 20:12:34
|
這個ptraj script里面的#是用來區(qū)分不同段落的。 我建議樓主先去看下AmberTools 13 Reference Manual 里面關于Atom Mask Selection Syntax 的內容，這樣就知道這些符號描述的是哪些residue上面的哪些原子了。 然后去看下ptraj里面的 Hydrogen bonding facility，不建議額外地再去看 cpptraj 了……兩種分析工具大同小異，但是句法不同。 最后要搞清楚的就是在Amber 里面，氫鍵是怎么定義的，是哪三個原子，按照什么順序的排列可以被認作氫鍵。 |
2樓2013-12-06 23:07:36
亍寞
金蟲 (小有名氣)
- 應助: 7 (幼兒園)
- 金幣: 1404.6
- 散金: 592
- 紅花: 1
- 帖子: 219
- 在線: 270.5小時
- 蟲號: 968354
- 注冊: 2010-03-12
- 專業(yè): 戲曲
3樓2013-12-08 08:02:39
Sean2010
捐助貴賓 (著名寫手)
- 應助: 17 (小學生)
- 金幣: 12570.5
- 散金: 28
- 紅花: 31
- 帖子: 1714
- 在線: 387.1小時
- 蟲號: 1178321
- 注冊: 2010-12-27
- 性別: GG
- 專業(yè): 細胞死亡
4樓2013-12-09 18:35:30
亍寞
金蟲 (小有名氣)
- 應助: 7 (幼兒園)
- 金幣: 1404.6
- 散金: 592
- 紅花: 1
- 帖子: 219
- 在線: 270.5小時
- 蟲號: 968354
- 注冊: 2010-03-12
- 專業(yè): 戲曲
5樓2013-12-09 20:11:01
亍寞
金蟲 (小有名氣)
- 應助: 7 (幼兒園)
- 金幣: 1404.6
- 散金: 592
- 紅花: 1
- 帖子: 219
- 在線: 270.5小時
- 蟲號: 968354
- 注冊: 2010-03-12
- 專業(yè): 戲曲
6樓2013-12-09 20:12:08
 |
7樓2017-08-19 13:05:39
相關版塊跳轉
我要訂閱樓主 亍寞 的主題更新
| 7 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 本科雙非材料，跨考一志愿華電085801電氣，283求調劑，任何專業(yè)都可以 +6 | 芝士雪baoo 2026-03-28 | 7/350 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 本科新能源科學與工程，一志愿華理能動285求調劑 +7 | AZMK 2026-03-28 | 11/550 |
|
|
[考研] 312，生物學求調劑 +3 | 小譯同學abc 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調劑 +3 | QiMing7 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 【求調劑】085601材料工程專碩 | 總分272 | +6 | 腳滑的守法公民 2026-03-27 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿南昌大學324求調劑 +7 | hanamiko 2026-03-27 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 292求調劑 +14 | 鵝鵝鵝額額額額?/a> 2026-03-25 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 調劑 +3 | 李嘉圖·S·路 2026-03-27 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 342求調劑 +3 | 加油a李zs 2026-03-26 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿北化求調劑 +3 | Jsman 2026-03-22 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調劑 +8 | Auroracx 2026-03-22 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 材料考研求調劑 +3 | Dendel 2026-03-23 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 機械學碩310分，數一英一，一志愿211本科雙非找調劑信息 +3 | @357 2026-03-25 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 網絡空間安全0839招調劑 +4 | w320357296 2026-03-25 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 284求調劑 +15 | Zhao anqi 2026-03-22 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 289材料與化工（085600）B區(qū)求調劑 +4 | 這么名字咋樣 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 調劑 +4 | 13853210211 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[有機交流]
 有機合成求助
 20+3
|
FENGSHUJEI 2026-03-23 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料/農業(yè)專業(yè)，07/08開頭均可，過線就行 +3 | 呵唔哦豁 2026-03-23 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿重慶大學085700資源與環(huán)境，總分308求調劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-23 | 8/400 |
|