 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2871 | 回復(fù): 6 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
亍寞金蟲 (小有名氣)
|
[求助]
AMBER官網(wǎng)教程分析氫鍵腳本問題
|
||
|
http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial3/section6.htm 在這個section里面的6.1.3.有一個分析氫鍵的腳本，里面有這么一句 acceptor mask :2-11,13-16,20@N :2-20@H 2-11,13-16,20@N看上文說是拋去backbone的PRO殘基，這個可以理解，然后后面的那個:2-20@H，是什么？上文說是跟terminal相關(guān)的什么好像，但是沒有看懂，放到自己的體系中的時候應(yīng)當(dāng)按照什么來改寫呢？ 謝謝 |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 amber |
» 猜你喜歡
一志愿華東師范大學(xué)有機(jī)化學(xué)專業(yè)，初試351分，復(fù)試被刷求調(diào)劑!
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
298求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料學(xué)碩333求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
0856求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
356求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
332求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
348求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
305求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
一志愿北京化工大學(xué)材料與化工（085600）296求調(diào)劑
已經(jīng)有13人回復(fù)
-
調(diào)劑310
已經(jīng)有9人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 【討論】關(guān)于不同z值處的水能形成氫鍵數(shù)的腳本討論
已經(jīng)有4人回復(fù)
亍寞
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 7 (幼兒園)
- 金幣: 1404.6
- 散金: 592
- 紅花: 1
- 帖子: 219
- 在線: 270.5小時
- 蟲號: 968354
- 注冊: 2010-03-12
- 專業(yè): 戲曲
5樓2013-12-09 20:11:01
Sean2010
捐助貴賓 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 17 (小學(xué)生)
- 金幣: 12570.5
- 散金: 28
- 紅花: 31
- 帖子: 1714
- 在線: 387.1小時
- 蟲號: 1178321
- 注冊: 2010-12-27
- 性別: GG
- 專業(yè): 細(xì)胞死亡
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
月只藍(lán): 金幣+2, 感謝指導(dǎo)！ 2013-12-07 09:24:25
亍寞: 金幣+10 2013-12-08 08:02:48
亍寞: 金幣+15 2013-12-09 20:12:34
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
月只藍(lán): 金幣+2, 感謝指導(dǎo)！ 2013-12-07 09:24:25
亍寞: 金幣+10 2013-12-08 08:02:48
亍寞: 金幣+15 2013-12-09 20:12:34
|
這個ptraj script里面的#是用來區(qū)分不同段落的。 我建議樓主先去看下AmberTools 13 Reference Manual 里面關(guān)于Atom Mask Selection Syntax 的內(nèi)容，這樣就知道這些符號描述的是哪些residue上面的哪些原子了。 然后去看下ptraj里面的 Hydrogen bonding facility，不建議額外地再去看 cpptraj 了……兩種分析工具大同小異，但是句法不同。 最后要搞清楚的就是在Amber 里面，氫鍵是怎么定義的，是哪三個原子，按照什么順序的排列可以被認(rèn)作氫鍵。 |
2樓2013-12-06 23:07:36
亍寞
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 7 (幼兒園)
- 金幣: 1404.6
- 散金: 592
- 紅花: 1
- 帖子: 219
- 在線: 270.5小時
- 蟲號: 968354
- 注冊: 2010-03-12
- 專業(yè): 戲曲
3樓2013-12-08 08:02:39
Sean2010
捐助貴賓 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 17 (小學(xué)生)
- 金幣: 12570.5
- 散金: 28
- 紅花: 31
- 帖子: 1714
- 在線: 387.1小時
- 蟲號: 1178321
- 注冊: 2010-12-27
- 性別: GG
- 專業(yè): 細(xì)胞死亡
4樓2013-12-09 18:35:30
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 11408軟件工程求調(diào)劑 +3 | Qiu學(xué)ing 2026-03-28 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 本科新能源科學(xué)與工程，一志愿華理能動285求調(diào)劑 +7 | AZMK 2026-03-28 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 壓國家一區(qū)線，求導(dǎo)師收留，有恩必謝！ +7 | 迷人的哈哈 2026-03-28 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 085602 化工專碩 338分 求調(diào)劑 +12 | 路癡小琪 2026-03-27 | 12/600 |
|
|
|
[考研]
 一志愿廈門大學(xué)化學(xué)學(xué)碩307求調(diào)劑
+10
|
y7czhao 2026-03-26 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 【求調(diào)劑】085601材料工程專碩 | 總分272 | +6 | 腳滑的守法公民 2026-03-27 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 266求調(diào)劑 +11 | 陽陽哇塞 2026-03-27 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 272求調(diào)劑 +7 | 腳滑的守法公民 2026-03-27 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 07化學(xué)280分求調(diào)劑 +10 | 722865 2026-03-23 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 考研化學(xué)308分求調(diào)劑 +10 | 你好明天你好 2026-03-23 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 085600，材料與化工321分，求調(diào)劑 +9 | 大饞小子 2026-03-27 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 333求調(diào)劑 +3 | question挽風(fēng) 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[論文投稿] Journal of Mechanical Science and Technology +3 | Russ_ss 2026-03-25 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 359求調(diào)劑 +4 | 王了個楠 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 考研一志愿蘇州大學(xué)初始315（英一）求調(diào)劑 +3 | sbdksD 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料調(diào)劑 +3 | iwinso 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[有機(jī)交流]
有機(jī)合成求助
 20+3
|
FENGSHUJEI 2026-03-23 | 5/250 |
|
|
|
[考研]
材料考研調(diào)劑生
+3
|
黃粱一夢千年 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 292求調(diào)劑 +4 | 鵝鵝鵝額額額額?/a> 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿重慶大學(xué)085700資源與環(huán)境，總分308求調(diào)劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-23 | 8/400 |
|