 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2869 | 回復(fù): 6 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
亍寞金蟲 (小有名氣)
|
[求助]
AMBER官網(wǎng)教程分析氫鍵腳本問題
|
||
|
http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial3/section6.htm 在這個(gè)section里面的6.1.3.有一個(gè)分析氫鍵的腳本，里面有這么一句 acceptor mask :2-11,13-16,20@N :2-20@H 2-11,13-16,20@N看上文說是拋去backbone的PRO殘基，這個(gè)可以理解，然后后面的那個(gè):2-20@H，是什么？上文說是跟terminal相關(guān)的什么好像，但是沒有看懂，放到自己的體系中的時(shí)候應(yīng)當(dāng)按照什么來改寫呢？ 謝謝 |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 amber |
» 猜你喜歡
一志愿華東師范大學(xué)有機(jī)化學(xué)專業(yè)，初試351分，復(fù)試被刷求調(diào)劑!
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
298求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料學(xué)碩333求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
0856求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
356求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
332求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
348求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
305求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
一志愿北京化工大學(xué)材料與化工（085600）296求調(diào)劑
已經(jīng)有13人回復(fù)
-
調(diào)劑310
已經(jīng)有9人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 【討論】關(guān)于不同z值處的水能形成氫鍵數(shù)的腳本討論
已經(jīng)有4人回復(fù)
Sean2010
捐助貴賓 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 17 (小學(xué)生)
- 金幣: 12570.5
- 散金: 28
- 紅花: 31
- 帖子: 1714
- 在線: 387.1小時(shí)
- 蟲號(hào): 1178321
- 注冊(cè): 2010-12-27
- 性別: GG
- 專業(yè): 細(xì)胞死亡
4樓2013-12-09 18:35:30
Sean2010
捐助貴賓 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 17 (小學(xué)生)
- 金幣: 12570.5
- 散金: 28
- 紅花: 31
- 帖子: 1714
- 在線: 387.1小時(shí)
- 蟲號(hào): 1178321
- 注冊(cè): 2010-12-27
- 性別: GG
- 專業(yè): 細(xì)胞死亡
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
月只藍(lán): 金幣+2, 感謝指導(dǎo)！ 2013-12-07 09:24:25
亍寞: 金幣+10 2013-12-08 08:02:48
亍寞: 金幣+15 2013-12-09 20:12:34
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
月只藍(lán): 金幣+2, 感謝指導(dǎo)！ 2013-12-07 09:24:25
亍寞: 金幣+10 2013-12-08 08:02:48
亍寞: 金幣+15 2013-12-09 20:12:34
|
這個(gè)ptraj script里面的#是用來區(qū)分不同段落的。 我建議樓主先去看下AmberTools 13 Reference Manual 里面關(guān)于Atom Mask Selection Syntax 的內(nèi)容，這樣就知道這些符號(hào)描述的是哪些residue上面的哪些原子了。 然后去看下ptraj里面的 Hydrogen bonding facility，不建議額外地再去看 cpptraj 了……兩種分析工具大同小異，但是句法不同。 最后要搞清楚的就是在Amber 里面，氫鍵是怎么定義的，是哪三個(gè)原子，按照什么順序的排列可以被認(rèn)作氫鍵。 |
2樓2013-12-06 23:07:36
亍寞
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 7 (幼兒園)
- 金幣: 1404.6
- 散金: 592
- 紅花: 1
- 帖子: 219
- 在線: 270.5小時(shí)
- 蟲號(hào): 968354
- 注冊(cè): 2010-03-12
- 專業(yè): 戲曲
3樓2013-12-08 08:02:39
亍寞
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 7 (幼兒園)
- 金幣: 1404.6
- 散金: 592
- 紅花: 1
- 帖子: 219
- 在線: 270.5小時(shí)
- 蟲號(hào): 968354
- 注冊(cè): 2010-03-12
- 專業(yè): 戲曲
5樓2013-12-09 20:11:01
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 0856求調(diào)劑 +7 | 楒桉 2026-03-28 | 7/350 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 295材料工程專碩求調(diào)劑 +7 | 1428151015 2026-03-27 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 283求調(diào)劑 +7 | A child 2026-03-28 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-27 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +4 | 零八# 2026-03-27 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +4 | Sanmu-124 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 考研化學(xué)308分求調(diào)劑 +10 | 你好明天你好 2026-03-23 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 305求調(diào)劑 +5 | 哇盧卡庫 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 322求調(diào)劑 +4 | 我真的很想學(xué)習(xí) 2026-03-23 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 333求調(diào)劑 +3 | question挽風(fēng) 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料求調(diào)劑 +5 | .m.. 2026-03-25 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 286求調(diào)劑 +4 | lim0922 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料調(diào)劑 +8 | 匹克i 2026-03-23 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 351求調(diào)劑 +4 | 麥克阿磊 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 325求調(diào)劑 +3 | Aoyijiang 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 285求調(diào)劑 +3 | AZMK 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 340求調(diào)劑 +5 | 話梅糖111 2026-03-24 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑一志愿武漢理工大學(xué)材料工程（085601） +5 | WW.' 2026-03-23 | 7/350 |
|
|
|
[基金申請(qǐng)] 請(qǐng)教下大家 2026年國家基金申請(qǐng)是雙盲審嗎？ +3 | lishucheng1 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 336化工調(diào)劑 +4 | 王大坦1 2026-03-23 | 5/250 |
|