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亍寞金蟲 (小有名氣)
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[求助]
AMBER官網(wǎng)教程分析氫鍵腳本問題
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http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial3/section6.htm 在這個section里面的6.1.3.有一個分析氫鍵的腳本，里面有這么一句 acceptor mask :2-11,13-16,20@N :2-20@H 2-11,13-16,20@N看上文說是拋去backbone的PRO殘基，這個可以理解，然后后面的那個:2-20@H，是什么？上文說是跟terminal相關(guān)的什么好像，但是沒有看懂，放到自己的體系中的時候應當按照什么來改寫呢？ 謝謝 |
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 amber |
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這個ptraj script里面的#是用來區(qū)分不同段落的。 我建議樓主先去看下AmberTools 13 Reference Manual 里面關(guān)于Atom Mask Selection Syntax 的內(nèi)容，這樣就知道這些符號描述的是哪些residue上面的哪些原子了。 然后去看下ptraj里面的 Hydrogen bonding facility，不建議額外地再去看 cpptraj 了……兩種分析工具大同小異，但是句法不同。 最后要搞清楚的就是在Amber 里面，氫鍵是怎么定義的，是哪三個原子，按照什么順序的排列可以被認作氫鍵。 |
2樓2013-12-06 23:07:36
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