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雨后泥巴新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)出現(xiàn)的問(wèn)題
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| 我現(xiàn)在有若干個(gè)新種，每個(gè)新種在數(shù)據(jù)庫(kù)16S序列比對(duì)后與其相似度最靠前的十幾株菌構(gòu)建N-J樹(shù)，可結(jié)果發(fā)現(xiàn)相似度排第一的菌與我的菌在樹(shù)上相距很遠(yuǎn)。為什么會(huì)出現(xiàn)這種情況呢？希望各位蟲(chóng)友幫忙 |
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20093651
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zhang8826857: 金幣+1, 鼓勵(lì)應(yīng)助 2013-12-08 21:23:49
雨后泥巴: 金幣+3, ★★★很有幫助 2013-12-09 16:55:31
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雨后泥巴: 金幣+3, ★★★很有幫助 2013-12-09 16:55:31
 不打緊的，我看過(guò)一些發(fā)表的新種，樹(shù)上連那個(gè)相似性最高的菌都沒(méi)有，我把那株菌加上去畫(huà)樹(shù)，結(jié)果和你說(shuō)的情況一樣 PS 不知樓主在哪個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)的，希望答案不是NCBI |
2樓2013-12-07 22:02:01
雨后泥巴
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雨后泥巴: 金幣+4, ★★★很有幫助 2013-12-09 16:54:52
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同源性高并不代表進(jìn)化關(guān)系近，同源性只是從序列相似角度分析，但是在每一個(gè)位置的序列所代表的的意義，以及幾個(gè)基因密碼連在一起的作用都是同源性無(wú)法分析的，進(jìn)化樹(shù)是采用特殊的計(jì)算方法，從轉(zhuǎn)錄-翻譯角度解釋進(jìn)化水平相似性，所以不能靠單一一項(xiàng)工作完成分析。當(dāng)然16S是當(dāng)前比較流行的鑒定方法，其到屬的準(zhǔn)確性確實(shí)毋庸置疑，但由于基因異型性等多方面問(wèn)題，通過(guò)16S到種的鑒定還是值得懷疑，不過(guò)用以參考和減小工作量還不錯(cuò) |
5樓2013-12-09 10:23:40
竹子小小
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7樓2014-03-21 21:07:00
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