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構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹出現(xiàn)的問題
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| 我現(xiàn)在有若干個新種，每個新種在數(shù)據(jù)庫16S序列比對后與其相似度最靠前的十幾株菌構(gòu)建N-J樹，可結(jié)果發(fā)現(xiàn)相似度排第一的菌與我的菌在樹上相距很遠。為什么會出現(xiàn)這種情況呢？希望各位蟲友幫忙 |
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20093651
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4樓2013-12-08 12:47:26
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laozuzunzhe: 金幣+3, good！ 2014-03-21 22:36:53
同源性高并不代表進化關(guān)系近，同源性只是從序列相似角度分析，但是在每一個位置的序列所代表的的意義，以及幾個基因密碼連在一起的作用都是同源性無法分析的，進化樹是采用特殊的計算方法，從轉(zhuǎn)錄-翻譯角度解釋進化水平相似性，所以不能靠單一一項工作完成分析。 當然16S是當前比較流行的鑒定方法，其到屬的準確性確實毋庸置疑，但由于基因異型性等多方面問題，通過16S到種的鑒定還是值得懷疑，不過用以參考和減小工作量還不錯 |
5樓2013-12-09 10:23:40
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