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雨后泥巴新蟲 (初入文壇)
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[求助]
構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹出現(xiàn)的問題
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| 我現(xiàn)在有若干個(gè)新種，每個(gè)新種在數(shù)據(jù)庫16S序列比對(duì)后與其相似度最靠前的十幾株菌構(gòu)建N-J樹，可結(jié)果發(fā)現(xiàn)相似度排第一的菌與我的菌在樹上相距很遠(yuǎn)。為什么會(huì)出現(xiàn)這種情況呢？希望各位蟲友幫忙 |
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雨后泥巴
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【答案】應(yīng)助回帖
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laozuzunzhe: 金幣+3, good！ 2014-03-21 22:36:53
同源性高并不代表進(jìn)化關(guān)系近，同源性只是從序列相似角度分析，但是在每一個(gè)位置的序列所代表的的意義，以及幾個(gè)基因密碼連在一起的作用都是同源性無法分析的，進(jìn)化樹是采用特殊的計(jì)算方法，從轉(zhuǎn)錄-翻譯角度解釋進(jìn)化水平相似性，所以不能靠單一一項(xiàng)工作完成分析。 當(dāng)然16S是當(dāng)前比較流行的鑒定方法，其到屬的準(zhǔn)確性確實(shí)毋庸置疑，但由于基因異型性等多方面問題，通過16S到種的鑒定還是值得懷疑，不過用以參考和減小工作量還不錯(cuò) |
5樓2013-12-09 10:23:40
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