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jocent木蟲 (小有名氣)
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[求助]
多序列（幾千條）進化樹求助【解決一個問題，額外給50金幣！】 已有4人參與
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我現(xiàn)在需要作7000條毒株的進化樹，想用比較快的的PHYML軟件，但是這個軟件需要格式為.phy的，我就用clustalX轉(zhuǎn)化，結(jié)果提示我： Warning: Truncating sequence names to 10 characters for PHYLIP output 然后我沒有管這個問題，但是，得到的.phy文件（abc.phy）就再也打不開(見圖)了（clustalX和bioedit都打不開）。而且PHYML也不跑。。。 問題1：有沒有較好的把較大的.fas文件轉(zhuǎn)化成.phy的方法。（網(wǎng)上又可以轉(zhuǎn)化的軟件，但是7000多條依然不給轉(zhuǎn)化，因為文件太大了） 問題2：對于我這7000多條，有沒有比較推薦的建樹方法？MEGA, Bioedit，clustalX我都嘗試過了，超級無敵慢吶。。。 有沒有哪位大神幫助一下？解決一個問題，額外給50金幣！謝謝了！ 1.png 2.png 3.png 5.png |
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hellohanson 
銀蟲 (初入文壇)
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2樓2013-12-18 16:11:59
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jocent: 金幣+30, ★★★★★最佳答案, 謝謝哦~可以找您詳細咨詢嗎？ 2013-12-20 09:14:43
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看提示，是phylip的序列名只支持10個字母/數(shù)字。clustalx打不開可能就是因為不支持。 不過其實phylip格式非常簡單http://www.bioperl.org/wiki/PHYLIP_multiple_alignment_format，完全可以自己寫個小程序，或者利用bioperl弄。 PHYML不跑，是什么意思？有沒有錯誤信息？ clustalw是命令行版的，比clustalx好用，在linux服務(wù)器上弄，7000多條應(yīng)該可以的。 |
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4樓2013-12-19 07:08:03
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