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jocent木蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
多序列（幾千條）進(jìn)化樹(shù)求助【解決一個(gè)問(wèn)題，額外給50金幣！】 已有4人參與
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我現(xiàn)在需要作7000條毒株的進(jìn)化樹(shù)，想用比較快的的PHYML軟件，但是這個(gè)軟件需要格式為.phy的，我就用clustalX轉(zhuǎn)化，結(jié)果提示我： Warning: Truncating sequence names to 10 characters for PHYLIP output 然后我沒(méi)有管這個(gè)問(wèn)題，但是，得到的.phy文件（abc.phy）就再也打不開(kāi)(見(jiàn)圖)了（clustalX和bioedit都打不開(kāi)）。而且PHYML也不跑。。。 問(wèn)題1：有沒(méi)有較好的把較大的.fas文件轉(zhuǎn)化成.phy的方法。（網(wǎng)上又可以轉(zhuǎn)化的軟件，但是7000多條依然不給轉(zhuǎn)化，因?yàn)槲募罅耍?br /> 問(wèn)題2：對(duì)于我這7000多條，有沒(méi)有比較推薦的建樹(shù)方法？MEGA, Bioedit，clustalX我都嘗試過(guò)了，超級(jí)無(wú)敵慢吶。。。 有沒(méi)有哪位大神幫助一下？解決一個(gè)問(wèn)題，額外給50金幣！謝謝了！ 1.png 2.png 3.png 5.png |
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jocent
木蟲(chóng) (小有名氣)
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7樓2013-12-20 13:41:53
hellohanson 
銀蟲(chóng) (初入文壇)
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2樓2013-12-18 16:11:59
w418704194
銅蟲(chóng) (小有名氣)
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3樓2013-12-18 18:19:23
wizardfan
至尊木蟲(chóng) (著名寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jocent: 金幣+30, ★★★★★最佳答案, 謝謝哦~可以找您詳細(xì)咨詢嗎？ 2013-12-20 09:14:43
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看提示，是phylip的序列名只支持10個(gè)字母/數(shù)字。clustalx打不開(kāi)可能就是因?yàn)椴恢С帧?br />
不過(guò)其實(shí)phylip格式非常簡(jiǎn)單http://www.bioperl.org/wiki/PHYLIP_multiple_alignment_format，完全可以自己寫個(gè)小程序，或者利用bioperl弄。 PHYML不跑，是什么意思？有沒(méi)有錯(cuò)誤信息？ clustalw是命令行版的，比clustalx好用，在linux服務(wù)器上弄，7000多條應(yīng)該可以的。 |
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4樓2013-12-19 07:08:03
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