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broken1999木蟲 (正式寫手)
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[求助]
合并pdb和psf報錯 已有2人參與
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各位大俠好，請教一個問題： 我自己寫了一個用于NAMD的top文件，針對氫氣、氮氣、甲烷和二氧化碳 我想把這幾種氣體的pdb文件和psf文件合并成一個總的pdb和psf topology top.inp readpsf co2.psf coordpdb co2.pdb 然后就報錯 psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom CST CO2:1 CO2 psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom OST CO2:1 CO2 ......................... ......................... psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom OST CO2:120 CO2 怎么解決這個問題呢？ |
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lyfxie8607
木蟲 (著名寫手)
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2樓2013-12-26 08:50:27
broken1999
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3樓2013-12-26 09:17:53
【答案】應助回帖
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broken1999: 金幣+20, ★★★★★最佳答案, 最佳答案！ 2013-12-27 22:21:31
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broken1999: 金幣+20, ★★★★★最佳答案, 最佳答案！ 2013-12-27 22:21:31
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1、你需要知道幾個概念的區(qū)別以及在PDB和PSF 文件中的位置： name type resname resid segname 2、兩個PSF pdb文件中含有相同的segname時會報錯 同一個resid 內name相同也會錯 。 。 。 。 to 2 樓 lyfxie8607 分子重疊了在合并的時候，還真不會報錯。合并之后還可以調節(jié)分子之間的距離，用 moveby 命令。如何有重疊而不調節(jié)，在模擬的時候肯定出錯。 |
4樓2013-12-26 10:29:18
5樓2013-12-26 10:30:28
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