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broken1999木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
合并pdb和psf報(bào)錯(cuò) 已有2人參與
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各位大俠好，請(qǐng)教一個(gè)問(wèn)題： 我自己寫(xiě)了一個(gè)用于NAMD的top文件，針對(duì)氫氣、氮?dú)�、甲烷和二氧化�?br /> 我想把這幾種氣體的pdb文件和psf文件合并成一個(gè)總的pdb和psf topology top.inp readpsf co2.psf coordpdb co2.pdb 然后就報(bào)錯(cuò) psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom CST CO2:1 CO2 psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom OST CO2:1 CO2 ......................... ......................... psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom OST CO2:120 CO2 怎么解決這個(gè)問(wèn)題呢？ |
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lyfxie8607
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2樓2013-12-26 08:50:27
broken1999
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3樓2013-12-26 09:17:53
【答案】應(yīng)助回帖
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1、你需要知道幾個(gè)概念的區(qū)別以及在PDB和PSF 文件中的位置： name type resname resid segname 2、兩個(gè)PSF pdb文件中含有相同的segname時(shí)會(huì)報(bào)錯(cuò) 同一個(gè)resid 內(nèi)name相同也會(huì)錯(cuò) 。 。 。 。 to 2 樓 lyfxie8607 分子重疊了在合并的時(shí)候，還真不會(huì)報(bào)錯(cuò)。合并之后還可以調(diào)節(jié)分子之間的距離，用 moveby 命令。如何有重疊而不調(diào)節(jié)，在模擬的時(shí)候肯定出錯(cuò)。 |
4樓2013-12-26 10:29:18
5樓2013-12-26 10:30:28
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