 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 944 | 回復(fù): 4 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
broken1999木蟲 (正式寫手)
|
[求助]
合并pdb和psf報(bào)錯 已有2人參與
|
|
|
各位大俠好，請教一個問題： 我自己寫了一個用于NAMD的top文件，針對氫氣、氮?dú)�、甲烷和二氧化�?br /> 我想把這幾種氣體的pdb文件和psf文件合并成一個總的pdb和psf topology top.inp readpsf co2.psf coordpdb co2.pdb 然后就報(bào)錯 psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom CST CO2:1 CO2 psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom OST CO2:1 CO2 ......................... ......................... psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom OST CO2:120 CO2 怎么解決這個問題呢？ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
291求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
315分求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
277跪求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
295求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
295材料工程專碩求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
085701環(huán)境工程求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
083000學(xué)碩274求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
275求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
一志愿211院校 344分 東北農(nóng)業(yè)大學(xué)生物學(xué)學(xué)碩，求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
085602 307分 求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- workbench計(jì)算報(bào)錯
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 用oniom方法優(yōu)化六肽的二聚體，結(jié)果報(bào)錯 求指導(dǎo)
已經(jīng)有6人回復(fù)
- gromacs 添加新的力場pdb2gmx報(bào)錯
已經(jīng)有5人回復(fù)
- VMD中如何將兩個pdb文件合成一個新的pdb文件?
已經(jīng)有14人回復(fù)
- fluent中autosave同時cas和dat，但關(guān)閉后重新讀取這一cas和dat，就報(bào)錯
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 如何做二肽的pdb和psf文件，望高手賜教，急急。
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 將蛋白質(zhì)和碳納米管的pdb和psf文件合并為一后，怎么控制它們之間的距離呢？
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【求助】無法生成環(huán)糊精的psf文件
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】如何合并文件 pdb psf
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】只是優(yōu)化后文件，沒有restart文件，能繼續(xù)跑嗎
已經(jīng)有22人回復(fù)
- 【求助】psf文件的生成
已經(jīng)有19人回復(fù)
- 【求助】水盒子問題
已經(jīng)有17人回復(fù)
- 【求助】namd和vmd就只能識別.pdb.psf.coor.vel等文件嗎
已經(jīng)有6人回復(fù)
5樓2013-12-26 10:30:28
lyfxie8607
木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 24 (小學(xué)生)
- 金幣: 6399.5
- 散金: 3081
- 紅花: 17
- 帖子: 1777
- 在線: 568.6小時
- 蟲號: 611974
- 注冊: 2008-09-25
- 性別: GG
- 專業(yè): 合成藥物化學(xué)
2樓2013-12-26 08:50:27
broken1999
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 14 (小學(xué)生)
- 金幣: 2167.4
- 散金: 464
- 紅花: 6
- 帖子: 560
- 在線: 281.9小時
- 蟲號: 1128677
- 注冊: 2010-10-21
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
3樓2013-12-26 09:17:53
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
broken1999: 金幣+20, ★★★★★最佳答案, 最佳答案！ 2013-12-27 22:21:31
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
broken1999: 金幣+20, ★★★★★最佳答案, 最佳答案！ 2013-12-27 22:21:31
|
1、你需要知道幾個概念的區(qū)別以及在PDB和PSF 文件中的位置： name type resname resid segname 2、兩個PSF pdb文件中含有相同的segname時會報(bào)錯 同一個resid 內(nèi)name相同也會錯 。 。 。 。 to 2 樓 lyfxie8607 分子重疊了在合并的時候，還真不會報(bào)錯。合并之后還可以調(diào)節(jié)分子之間的距離，用 moveby 命令。如何有重疊而不調(diào)節(jié)，在模擬的時候肯定出錯。 |
4樓2013-12-26 10:29:18
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 295求調(diào)劑 +4 | 1428151015 2026-03-27 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿南師大0703化學(xué) 275求調(diào)劑 +4 | Ripcord上岸 2026-03-27 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿哈爾濱工業(yè)大學(xué)材料與化工方向336分 +4 | 辰沐5211314 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 復(fù)試調(diào)劑，一志愿南農(nóng)083200食品科學(xué)與工程 +5 | XQTJZ 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 085600，材料與化工321分調(diào)劑 +4 | 大饞小子 2026-03-27 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 292求調(diào)劑 +4 | 求求了收下我吧?/a> 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 359求調(diào)劑 +4 | 王了個楠 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 294分080500材料科學(xué)與工程求調(diào)劑 +4 | 柳溪邊 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 303求調(diào)劑 +7 | 元夕元 2026-03-20 | 8/400 |
|
|
|
[考研]
材料調(diào)劑
 5+4
|
想要一壺桃花水 2026-03-25 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +8 | Auroracx 2026-03-22 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 085601求調(diào)劑總分293英一數(shù)二 +4 | 鋼鐵大炮 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)調(diào)劑一志愿上海交通大學(xué)336分-本科上海211 +4 | 小魚愛有機(jī) 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿南航 335分 | 0856材料化工 | GPA 4.07 | 有科研經(jīng)歷 +6 | cccchenso 2026-03-23 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 296求調(diào)劑 +4 | 汪�。�！ 2026-03-25 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 各位老師您好：本人初試372分 +5 | jj涌77 2026-03-25 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 086003食品工程求調(diào)劑 +6 | 淼淼111 2026-03-24 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 318求調(diào)劑 +5 | plum李子 2026-03-21 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué)學(xué)碩求調(diào)劑 +7 | 小羊睡著了? 2026-03-23 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 石河子大學(xué)（211、雙一流）碩博研究生長期招生公告 +3 | 李子目 2026-03-22 | 3/150 |
|