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haiyanqian木蟲 (小有名氣)
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[求助]
對接的分子用于分子動力學模擬的問題 已有2人參與
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| 我想請問一下大家，就是在用Amber進行分子動力學模擬的時候，對于沒有晶體結(jié)構(gòu)的分子，通過分子對接的方法將配體對接進去。然后用于動力學的模擬，比如說我進行了10ns 的分子動力學模擬，我后面取出最后的小分子構(gòu)象，與最初的小分子對接的構(gòu)象進行疊合，發(fā)現(xiàn)結(jié)構(gòu)變化還是挺大的。我不知道這個結(jié)果是不是屬于正常現(xiàn)象，跑完動力學的構(gòu)象與之前得對接結(jié)果是會有差異的，還是說我最初的分子對接的構(gòu)象就不合理呢？ |
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haiyanqian
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