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haiyanqian木蟲 (小有名氣)
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[求助]
對接的分子用于分子動力學(xué)模擬的問題 已有2人參與
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| 我想請問一下大家，就是在用Amber進(jìn)行分子動力學(xué)模擬的時候，對于沒有晶體結(jié)構(gòu)的分子，通過分子對接的方法將配體對接進(jìn)去。然后用于動力學(xué)的模擬，比如說我進(jìn)行了10ns 的分子動力學(xué)模擬，我后面取出最后的小分子構(gòu)象，與最初的小分子對接的構(gòu)象進(jìn)行疊合，發(fā)現(xiàn)結(jié)構(gòu)變化還是挺大的。我不知道這個結(jié)果是不是屬于正�，F(xiàn)象，跑完動力學(xué)的構(gòu)象與之前得對接結(jié)果是會有差異的，還是說我最初的分子對接的構(gòu)象就不合理呢？ |
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9樓2014-01-23 11:38:19
2樓2014-01-21 14:39:25
haiyanqian
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
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- 專業(yè): 合成藥物化學(xué)
3樓2014-01-22 10:01:27
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
月只藍(lán): 金幣+1, 鼓勵交流 2014-01-23 16:22:45
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月只藍(lán): 金幣+1, 鼓勵交流 2014-01-23 16:22:45
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haiyanqian4樓2014-01-22 21:41:39
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