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haiyanqian木蟲 (小有名氣)
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對(duì)接的分子用于分子動(dòng)力學(xué)模擬的問(wèn)題 已有2人參與
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| 我想請(qǐng)問(wèn)一下大家，就是在用Amber進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬的時(shí)候，對(duì)于沒(méi)有晶體結(jié)構(gòu)的分子，通過(guò)分子對(duì)接的方法將配體對(duì)接進(jìn)去。然后用于動(dòng)力學(xué)的模擬，比如說(shuō)我進(jìn)行了10ns 的分子動(dòng)力學(xué)模擬，我后面取出最后的小分子構(gòu)象，與最初的小分子對(duì)接的構(gòu)象進(jìn)行疊合，發(fā)現(xiàn)結(jié)構(gòu)變化還是挺大的。我不知道這個(gè)結(jié)果是不是屬于正�，F(xiàn)象，跑完動(dòng)力學(xué)的構(gòu)象與之前得對(duì)接結(jié)果是會(huì)有差異的，還是說(shuō)我最初的分子對(duì)接的構(gòu)象就不合理呢？ |
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haiyanqian
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