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rDNA-ITS序列分析？ 已有1人參與
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用了一對(duì)通用引物（18S，26S）擴(kuò)增了某一蟲子的rDNA-ITS，測(cè)序已獲得1000bp左右片段。 求教：如何定義所測(cè)得的DNA序列中18S、ITS1、5.8S、TIS2和28S在所獲得的序列的位置？如NCBI中相關(guān)截圖所示 謝謝！ 0.JPG |
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yuren2009
木蟲 (正式寫手)
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4樓2014-02-26 23:14:30
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
Crescendo: 金幣+5, ★★★很有幫助, 你的回復(fù)比較詳細(xì)。但我有一點(diǎn)不清楚：5.8 S這段序列如何確定呢？ 2014-02-26 15:31:43
kx444555: 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2014-02-26 21:02:13
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Crescendo: 金幣+5, ★★★很有幫助, 你的回復(fù)比較詳細(xì)。但我有一點(diǎn)不清楚：5.8 S這段序列如何確定呢？ 2014-02-26 15:31:43
kx444555: 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2014-02-26 21:02:13
 本帖僅樓主可見 |
2樓2014-02-26 14:27:49
3樓2014-02-26 15:47:10
yuren2009
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【答案】應(yīng)助回帖
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Crescendo: 金幣+10, ★★★很有幫助, 最終我 是這樣解決的：以同物種的18S,5.8S和28S為模板尋找自己測(cè)序的分離群體的對(duì)應(yīng)位置。不過依照這樣的方法，分析NCBI中其他近似物種，卻并非絕對(duì)準(zhǔn)確，這值得進(jìn)一步確定。 2014-03-08 07:30:54
Crescendo: 金幣+10, ★★★很有幫助, 最終我 是這樣解決的：以同物種的18S,5.8S和28S為模板尋找自己測(cè)序的分離群體的對(duì)應(yīng)位置。不過依照這樣的方法，分析NCBI中其他近似物種，卻并非絕對(duì)準(zhǔn)確，這值得進(jìn)一步確定。 2014-03-08 07:30:54
| 核糖體DNA中的18S、5.8S和28S的基因組序列在大多數(shù)生物中趨于保守,在生物種間變化小（異種同源性大），ITS1,ITS2為非編碼區(qū)，相對(duì)變化較大。一段序列具體到各個(gè)基因位置我也不是很清楚，我的理解是：同個(gè)物種通過比較序列的保守性也就是通過序列比對(duì)或通過編碼氨基酸與否確定位置（編碼區(qū)和非編碼區(qū)）。 |
5樓2014-02-28 23:19:19
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