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gromacs蛋白模擬報(bào)錯(cuò)，，，求指導(dǎo)啊 已有2人參與
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Fatal error: There is no domain decomposition for 10 nodes that is compatible with the given box and a minimum cell size of 1.09213 nm Change the number of nodes or mdrun option -rcon or -dds or your LINCS settings Look in the log file for details on the domain decomposition 在做一個(gè)蛋白的模擬，并行計(jì)算，提交了腳本后，在給出的MD.e23413文件里就是這樣的錯(cuò)誤，請(qǐng)大神指導(dǎo)，怎么回事啊，是我得盒子太小了？還是太大了？還是我用的節(jié)點(diǎn)太多了。。 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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870277182: 金幣+2, ★★★很有幫助 2014-03-10 17:03:02
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據(jù)我所知，可能有兩種原因： 1. 模擬盒子太小，而你用的節(jié)點(diǎn)太多了，導(dǎo)致域分解無(wú)法進(jìn)行。 2. 一般并行運(yùn)行都是選擇核數(shù)是4的倍數(shù)，這樣計(jì)算效率會(huì)高一些（1:3） 解決辦法： 先試試在mdrun命令后添加“-nt 1”指定單個(gè)線程或使用一個(gè)核，如果能正常跑可能就是盒子太小或域分解不合理， 可以適當(dāng)加大模擬盒子或者指定域分解，如使用8個(gè)核并指定“-npme 2”。 這方面我也不是很懂，以上意見，僅供參考~~~如有不當(dāng)之處，還請(qǐng)指正~~~ |
3樓2014-03-09 10:17:02
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