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WJ-MS新蟲 (小有名氣)
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[求助]
VMD可視化鍵
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我的體系是一堆原子，計(jì)算的時(shí)候是沒有鍵的，但是我想看看體系配位情況，就另外添加了鍵（自定義的，假設(shè)AB原子之間的距離小于一個(gè)值，就存在一個(gè)鍵），現(xiàn)在關(guān)于原子和鍵的描述寫在了一個(gè)文件里面，但是這個(gè)VMD打不開，后來摸索了一下，加了幾句頭文件， ITEM: TIMESTEP 2000 ITEM: NUMBER OF ATOMS 90 ITEM: NUMBER OF BONDS 130 ITEM: BOX BOUNDS pp pp pp 0 24.21 0 24.21 0 24.21 可以顯示出原子，但是我定義的鍵還是不能顯示出來，哪位高人能不能指點(diǎn)一下，怎么做才能把這些鍵也自定義出來？ |
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WJ-MS
新蟲 (小有名氣)
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3樓2014-03-12 18:45:54
egogg
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月只藍(lán): 金幣+3, 感謝指導(dǎo)！ 2014-03-12 19:26:37
月只藍(lán): 金幣+3, 感謝指導(dǎo)！ 2014-03-12 19:26:37
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用VMD打開原始文件，做以下操作： （1）按照原子方式顯示，無鍵。 （2）Graphics -> Representations -> Create Representation 將新建Rep的Drawing Method改為Dynamic Bonds，然后設(shè)置你需要的鍵長域值。 顯示效果請?jiān)趨?shù)表里面自行摸索。 附：如果只想在指定類型的原子之間添加鍵長�？梢詫⒃揜ep的Selections改為 type H O C N ....。 |
2樓2014-03-12 16:29:36
egogg
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4樓2014-03-12 22:56:40
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